SAXSdb — 8pmq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pmq
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	Catalytic module of yeast GID E3 ligase bound to multiphosphorylated Ubc8~ubiquitin
关键词 keywords	E3 ubiquitin ligase, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, phosphorylation, GID, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.00 Å
零角强度 I(0) i0	173005000.00
分子量 molecular_weight	109770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138910 Å³
包络体积 envelope_volume	196630 Å³
水化壳体积 shell_volume	44913 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.91 Å
包络 Rg envelope_rg	38.78 Å
形状 Rg shape_rg	38.97 Å
总 Rg total_rg	39.30 Å
总原子数 total_atoms	7746
残基数 n_residues	1004
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	173000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8560
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.452
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.267
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.709

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RMD5
分子量 formula_weight	49244.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	7746

MSELLDSFETEFAKFYTDSNLEETNLQKCLDHTHEFKSQLKKLKAHLNKHIQESKPEVYNKLSDKEKQKFKRKRELIIEKLSKSQRQWDHSVKKQIKYVSQQSNRFNKSTLNKLKEFDIDSVYVNKLPKETMENVNEAIGYHILRYSIDNMPLGNKNEAFQYLKDVYGITNKESTEFIEMGQIVHDLKKGDTESCLKWCSNEMESLSSNHTALSSLKFDLYTLSAMQIVKHGNPVELYYQITQNAPLDCFRHREKELMQNVVPLLTKSLIGQPIEDIDSKVNKELKECTSLFIKEYCAAKHIFFDSPLFLIVLSGLISFQFFIKYKTIRELAHVDWTTKDELPFDVKLPDFLTHFHPIFICPVLKEETTTENPPYSLACHHIISKKALDRLSKNGTITFKCPYCPVNTSMSSTKKVRFVML

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Protein FYV10
分子量 formula_weight	59975.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9

MAEKSIFNEPDVDFHLKLNQQLFHIPYELLSKRIKHTQAVINKETKSLHEHTAALNQIFEHNDVEHDELALAKITEMIRKVDHIERFLNTQIKSYCQILNRIKKRLEFFHELKDIKSQNSGTSHNGNNEGTRTKLIQWYQSYTNILIGDYLTRNNPIKYNSETKDHWNSGVVFLKQSQLDDLIDYDVLLEANRISTSLLHERNLLPLISWINENKKTLTKKSSILEFQARLQEYIELLKVDNYTDAIVCFQRFLLPFVKSNFTDLKLASGLLIFIKYCNDQKPTSSTSSGFDTEEIKSQSLPMKKDRIFQHFFHKSLPRITSKPAVNTTDYDKSSLINLQSGDFERYLNLLDDQRWSVLNDLFLSDFYSMYGISQNDPLLIYLSLGISSLKTRDCLHPSDDENGNQETETATTAEKEVEDLQLFTLHSLKRKNCPVCSETFKPITQALPFAHHIQSQLFENPILLPNGNVYDSKKLKKLAKTLKKQNLISLNPGQIMDPVDMKIFCESDSIKMYPT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa
分子量 formula_weight	24920.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	C85K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSSSKRRIETDVMKLLMSDHQVDLINDSMQEFHVKFLGPKDTPYENGVWRLHVELPDNYPYKSPSIGFVNKIFHPNIDIASGSIKLDVINSTWSPLYDLINIVEWMIPGLLKEPNGSDPLNNEAATLQLRDKKLYEEKIKEYIDKYATKEKYQQMFGGDNDSDDSDSGGDLQEEDSDSDEDMDGTGVSSGDDSVDELSEDLSDIDVSDDDDYDEVANQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80606

fit	/app/data/saxs_computation/pm/8pmq/8pmq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pm/8pmq/8pmq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pm/8pmq/8pmq.dat

Catalytic module of yeast GID E3 ligase bound to multiphosphorylated Ubc8~ubiquitin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)