8pmw

HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pmw
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.1
关键词 keywords	HEV, P domain, non-glycosylated, glycan-sensitive, neutralizing antibody (nAb), VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.67 Å
零角强度 I(0) i0	208457000.00
分子量 molecular_weight	115930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144820 Å³
包络体积 envelope_volume	185840 Å³
水化壳体积 shell_volume	44232 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.39 Å
包络 Rg envelope_rg	34.66 Å
形状 Rg shape_rg	34.63 Å
总 Rg total_rg	35.27 Å
总原子数 total_atoms	8190
残基数 n_residues	1069
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	208500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.264
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.542
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.848

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	scFv_p60.1
分子量 formula_weight	26673.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	8498

EVQLQQSGPGLVKPSQTLSLICAISGDSVSTINAAWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYRSKWYHEYATSVQGRIIITPDTSKNQFSLQLNSVTPEDSAVYFCARDRGPTPFDFWGQGTLVTVSSGTGGSGGGGSGGGGSGGGDIQMTQSPSSLSASVGDSVTITCRANQSISRSLNWYQQQPGKAPNLLIYAASHLHSGVSSRFSGSGSGADFALTISSLQPEDFATYHCQQSFVTPFTFGPGTKVDLKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	22868.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F

GDDDDKPAPSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQAVARSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEAGTTKAGYPYNYNTTASDQILIENAAGHRVAISTYTTSLGAGPTSISAVGVLAPHSALAVLEDTTDYPARAHTFDDFCPECRTLGLQGCAFQSTIAELQRLKMKVGKTRES

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis E virus
通用名 common_name	HEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1678143
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.810 Å
晶胞边长 b length_b	159.260 Å
晶胞边长 c length_c	205.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	48.440 Å
R 因子 r_factor	0.2073
R_work r_work	0.2063
R_free r_free	0.2267

fit	/app/data/saxs_computation/pm/8pmw/8pmw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pm/8pmw/8pmw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pm/8pmw/8pmw.dat

HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)