8pmz

HEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p61.15

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pmz
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	HEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p61.15
关键词 keywords	HEV, P domain, non-glycosylated, glycan-insensitive, neutralizing antibody (nAb), VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.12 Å
零角强度 I(0) i0	107169000.00
分子量 molecular_weight	82861.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103570 Å³
包络体积 envelope_volume	127340 Å³
水化壳体积 shell_volume	34048 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.26 Å
包络 Rg envelope_rg	34.26 Å
形状 Rg shape_rg	34.08 Å
总 Rg total_rg	34.51 Å
总原子数 total_atoms	5842
残基数 n_residues	758
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8101
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.566
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.381
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.783; Smooth: 0.576

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Pro-secreted protein ORF2
分子量 formula_weight	22868.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6163

GDDDDKPAPSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQAVARSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEAGTTKAGYPYNYNTTASDQILIENAAGHRVAISTYTTSLGAGPTSISAVGVLAPHSALAVLEDTTDYPARAHTFDDFCPECRTLGLQGCAFQSTIAELQRLKMKVGKTRES

来源 Source

来源生物 organism	Paslahepevirus balayani
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1678143
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	scFv_p61.15
分子量 formula_weight	27160.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYFMHWVRQAPGQGLEWMGVFNPRGGSTTYAQKFQGRITMTSDPSTSTVYMELTSLTSEDTAMYYCARMGSVTGPVGHRWLDPWGQGTLVTVSSGTGGSGGGGSGGGGSGGGEIVLTQSPATLSLSPGERAALSCRASQSVDTYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASTRAPGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRYNWPPITFGQGTRLEIKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	321

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.590 Å
晶胞边长 b length_b	178.770 Å
晶胞边长 c length_c	49.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.912 Å
最低分辨率 resolution_low	47.850 Å
R 因子 r_factor	0.2262
R_work r_work	0.2246
R_free r_free	0.2565

fit	/app/data/saxs_computation/pm/8pmz/8pmz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pm/8pmz/8pmz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pm/8pmz/8pmz.dat

HEV gt3 P domain in complex with glycan-insensitive nAb p61.15

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)