8pn0

HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pn0
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.12
关键词 keywords	HEV, P domain, non-glycosylated, glycan-sensitive, neutralizing antibody (nAb), VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.67 Å
零角强度 I(0) i0	364304000.00
分子量 molecular_weight	155450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194440 Å³
包络体积 envelope_volume	257760 Å³
水化壳体积 shell_volume	55463 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.52 Å
包络 Rg envelope_rg	38.27 Å
形状 Rg shape_rg	38.65 Å
总 Rg total_rg	39.08 Å
总原子数 total_atoms	10963
残基数 n_residues	1461
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	364300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.905

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab_p60.12-HC
分子量 formula_weight	24858.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	11149

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFSSYVISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIIGTANYAPKFQDTVTITADKSTNTVYMEMRSLRSEDTAVYYCASNVQLQRRGNWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Fab_p60.12-LC
分子量 formula_weight	22903.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDIGDYNFVSWYQQHPGKAPKLMIFDVTNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQVEDEADYYCSSYTSTNTPVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	22868.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F

GDDDDKPAPSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQAVARSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEAGTTKAGYPYNYNTTASDQILIENAAGHRVAISTYTTSLGAGPTSISAVGVLAPHSALAVLEDTTDYPARAHTFDDFCPECRTLGLQGCAFQSTIAELQRLKMKVGKTRES

来源 Source

来源生物 organism	Paslahepevirus balayani
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1678143
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.430 Å
晶胞边长 b length_b	94.480 Å
晶胞边长 c length_c	91.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.072 Å
最低分辨率 resolution_low	47.240 Å
R 因子 r_factor	0.2276
R_work r_work	0.2259
R_free r_free	0.2608

fit	/app/data/saxs_computation/pn/8pn0/8pn0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pn/8pn0/8pn0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pn/8pn0/8pn0.dat

HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)