8pn4

transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pn4
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences
关键词 keywords	transcription, transcription factor, DNA-binding, protein-DNA complex, DNA-binding domain; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.44 Å
零角强度 I(0) i0	115154000.00
分子量 molecular_weight	63871.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71176 Å³
包络体积 envelope_volume	101160 Å³
水化壳体积 shell_volume	31073 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.45 Å
包络 Rg envelope_rg	26.80 Å
形状 Rg shape_rg	27.38 Å
总 Rg total_rg	28.15 Å
总原子数 total_atoms	4386
残基数 n_residues	379
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	115200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7385
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.006
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.660
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6311000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.985; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	BarH-like 2 homeobox protein
分子量 formula_weight	7509.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M
原子数 atom_count	4562

PRKARTAFSDHQLNQLERSFERQKYLSVQDRMDLAAALNLTDTQVKTWYQNRRTKWKRQTAV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	3638.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E,H,K

CGCTAACCGGTT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	3687.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F,I,L

AACCGGTTAGCG

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.426 Å
晶胞边长 b length_b	134.560 Å
晶胞边长 c length_c	64.491 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	39.400 Å
R 因子 r_factor	0.2451
R_work r_work	0.2434
R_free r_free	0.2738

fit	/app/data/saxs_computation/pn/8pn4/8pn4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pn/8pn4/8pn4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pn/8pn4/8pn4.dat

transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)