8pp4

;Binary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and reduced charge negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m3 (Mg formate condition) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 205.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pp4
沉积日期 deposition_date	2023-07-06
结构标题 title	;Binary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and reduced charge negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m3 (Mg formate condition) ;
关键词 keywords	;protein design, protein engineering, protein interfaces, superlattice, nanocage, ferritin, protein container, charged nanocage, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.19 Å
零角强度 I(0) i0	909051000.00
分子量 molecular_weight	243800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	302050 Å³
包络体积 envelope_volume	451000 Å³
水化壳体积 shell_volume	69833 Å³
包络直径 envelope_diameter	226.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.59 Å
包络 Rg envelope_rg	60.70 Å
形状 Rg shape_rg	60.17 Å
总 Rg total_rg	59.95 Å
总原子数 total_atoms	33897
残基数 n_residues	2066
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.0 Å
Rg (实空间) rg_real	59.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	906400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7739
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.689
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.053
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	33500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.690; Smooth: 0.152

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ferritin heavy chain
分子量 formula_weight	21499.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
突变 mutation	A18K, C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	35183

MTTASTSQVRQNYHQDSEKAINRQIRLELYASYVYLSMSYYFDRDDVALKNFAKYFLHQSHEEREHAEKLMKLQNQRGGRIFLQDIQKPDKDDWESGLRAMEKALKLEKKVNQSLLELHKLATKKNDPHLCDFIETHYLNEQVKAIKELGDHVTNLRKMGAPRSGLAEYLFDKHTLGDSDNES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ferritin heavy chain, N-terminally processed
分子量 formula_weight	21181.4 kDa
突变 mutation	A18E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

TTASTSQVRQNYHQDSEEAINRQINLELYASYVYLSMSYYFDRDDVALKNFAKYFLHQSHEEREHAEKLMKLQNQRGGRIFLQDIQKPDCDDWESGLNAMECALHLEKNVNQSLLELHKLATDKNDPHLCDFIETHYLNEQVKAIKELGDHVTNLRKMGAPESGLAEYLFDKHTLGDSDNES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	896

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.039 Å
晶胞边长 b length_b	127.039 Å
晶胞边长 c length_c	176.961 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.999 Å
最低分辨率 resolution_low	49.356 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1814
R_free r_free	0.2207

fit	/app/data/saxs_computation/pp/8pp4/8pp4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pp/8pp4/8pp4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pp/8pp4/8pp4.dat

;Binary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and reduced charge negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m3 (Mg formate condition) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)