8ppx

Influenza A/California/07/2009(H1N1) endonuclease in complex with flavonoid-like compound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ppx
沉积日期 deposition_date	2023-07-10
结构标题 title	Influenza A/California/07/2009(H1N1) endonuclease in complex with flavonoid-like compound
关键词 keywords	RNA-dependent RNA polymerase, endonuclease inhibitor, flavonoids, antivirals, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.13 Å
零角强度 I(0) i0	14982600.00
分子量 molecular_weight	19453.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18738 Å³
包络体积 envelope_volume	29695 Å³
水化壳体积 shell_volume	15525 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.03 Å
包络 Rg envelope_rg	16.22 Å
形状 Rg shape_rg	16.12 Å
总 Rg total_rg	16.88 Å
总原子数 total_atoms	1461
残基数 n_residues	182
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.415
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	21640.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1486

SGSGSGSGSMEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDGGSKHRFEIIEGRDRIMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRSLWDSFRQSER

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641809
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	5-oxidanyl-2-[4,5,7-tris(oxidanyl)naphthalen-2-yl]-1H-pyrimidin-6-one
分子量 formula_weight	286.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.960 Å
晶胞边长 b length_b	73.960 Å
晶胞边长 c length_c	128.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	45.300 Å
R 因子 r_factor	0.2281
R_work r_work	0.2265
R_free r_free	0.2579

fit	/app/data/saxs_computation/pp/8ppx/8ppx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pp/8ppx/8ppx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pp/8ppx/8ppx.dat