8prm

The structure of nvBagel2 binding the P8W48O184 polyoxometalate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8prm
沉积日期 deposition_date	2023-07-12
最后修订 last_revision	2024-07-24
结构标题 title	The structure of nvBagel2 binding the P8W48O184 polyoxometalate
关键词 keywords	Protein design, symmetric, assembly, self-assembly, beta-propeller, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.92 Å
零角强度 I(0) i0	68974100.00
分子量 molecular_weight	45946.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46159 Å³
包络体积 envelope_volume	52515 Å³
水化壳体积 shell_volume	22407 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.21 Å
包络 Rg envelope_rg	18.80 Å
形状 Rg shape_rg	18.86 Å
总 Rg total_rg	19.56 Å
总原子数 total_atoms	2652
残基数 n_residues	316
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6540
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	16.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.073
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.831
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	269200.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell surface protein
分子量 formula_weight	9050.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2656

GSHMTGGSVHSSPAIGQDGTIYVGSNDHYLYAINPNGKLKWKFETGGSVHSSPAIGQDGTIYVGSNDHYLYAINPNGKLKWKFE

来源 Source

来源生物 organism	Dictyoglomus thermophilum (strain ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	309799
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	P8W48O184 polyoxometalate
分子量 formula_weight	12016.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.540 Å
晶胞边长 b length_b	79.818 Å
晶胞边长 c length_c	123.439 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.910 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2605

fit	/app/data/saxs_computation/pr/8prm/8prm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pr/8prm/8prm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pr/8prm/8prm.dat

The structure of nvBagel2 binding the P8W48O184 polyoxometalate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction