SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 8psh 沉积日期 deposition_date 1997-10-13 结构标题 title ;HIGH RESOLUTION NMR STRUCTURE OF THE STEREOREGULAR (ALL-RP)-PHOSPHOROTHIOATE-DNA/RNA HYBRID D (G*PS*C*PS*G*PS*T*PS*C*PS*A*PS*G*PS*G)R(CCUGACGC), MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
; 关键词 keywords OLIGONUCLEOTIDE, DNA-RNA HYBRID, PHOSPHOROTHIOATE, THIONUCLEOTIDE, ANTISENSE; DNA-RNA HYBRID 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 10.88 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 10.05 Å 零角强度 I(0) i0 1475090.00 分子量 molecular_weight 5060.0 kDa 排除体积 excluded_volume 4804 ų 包络体积 envelope_volume 6198 ų 水化壳体积 shell_volume 5801 ų 包络直径 envelope_diameter 33.8 Å 壳层 Rg shell_rg 14.49 Å 包络 Rg envelope_rg 10.11 Å 形状 Rg shape_rg 9.84 Å 总 Rg total_rg 11.14 Å 总原子数 total_atoms 509 残基数 n_residues 9 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 35.0 Å Rg (实空间) rg_real 10.82 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.29 Å I(0) (实空间) i0_real 1.4750e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 1.5000e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 10.82 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 1475000.0000 解质量估计 total_estimate 0.8031 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 14.6 Å 偏度 Skewness skewness 0.147 峰度 Kurtosis kurtosis -0.278 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 54120.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.812;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 1.000;
Smooth: 0.000
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 1 空间群编号 int_tables_number 1 晶系 crystal_system —
Entity 1
polymer
描述 description ;DNA (5'-D(*DGP*(SC)P*(GS)P*(PST)P*(SC)P*(AS)P*(GS)P*(GS))-3')
; 分子量 formula_weight 2580.1 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 509
GCGTCAGG
Entity 2
polymer
描述 description ;RNA (5'-R(*CP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
; 分子量 formula_weight 2501.6 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polyribonucleotide 链编号 strand_id B
CCUGACGC
Structure of a Stereoregular Phosphorothioate DNA/RNA Duplex
Nat.Struct.Biol. (1998)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/ps/8psh/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/ps/8psh/8psh.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/ps/8psh/8psh_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/ps/8psh/8psh.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/ps/8psh/8psh.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/ps/8psh/8psh.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/ps/8psh/8psh_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/ps/8psh/8psh.fit
pddf
/app/data/pr_computation/ps/8psh/8psh.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/ps/8psh/8psh.dat
