SAXSdb — 8psq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8psq
沉积日期 deposition_date	2023-07-13
最后修订 last_revision	2023-12-27
结构标题 title	Tilapia Lake Virus polymerase in cRNA pre-initiation state mode A (core only)
关键词 keywords	Viral polymerase, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.57 Å
零角强度 I(0) i0	246843000.00
分子量 molecular_weight	117150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143470 Å³
包络体积 envelope_volume	182060 Å³
水化壳体积 shell_volume	49017 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.72 Å
包络 Rg envelope_rg	29.10 Å
形状 Rg shape_rg	29.60 Å
总 Rg total_rg	30.28 Å
总原子数 total_atoms	16078
残基数 n_residues	997
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	246900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9082
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.030
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.559
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.931

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein (PA-like)
分子量 formula_weight	47780.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16079

MDSRFAQLTGVFCDDFTYSEGSRRFLSSYSTVERRPGVPVEGDCYDCLKNKWIAFELEGQPRKFPKATVRCILNNDATYVCSEQEYQQICKVQFKDYLEIDGVVKVGHKASYDAELRERLLELPHPKSGPKPRIEWVAPPRLADISKETAELKRQYGFFECSKFLACGEECGLDQEARELILNEYARDREFEFRNGGWIQRYTVASHKPATQKILPLPASAPLARELLMLIARSTTQAGKVLHSDNTSILAVPVMRDSGKHSKRRPTASTHHLVVGLSKPGCEHDFEFDGYRAAVHVMHLDPKQSANIGEQDFVSTREIYKLDMLELPPISRKGDLDRASGLETRWDVILLLECLDSTRVSQAVAQHFNRHRLALSVCKDEFRKGYQLASEIRGTIPLSSLYYSLCAVRLRMTVHPFAR

来源 Source

来源生物 organism	Tilapia lake virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1549864
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Putative PB1
分子量 formula_weight	57179.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MWAFQEGVCKGNLLSGPTSMKAPDSAARESIDRASEIMTGKSYNAVHTGDLSKLPNQGESPLRIVDSDLYSERSCCWVIEKEGRVVCKSTTLTRGMTSLLNTTKCSSPSELICKVLTVESLSEKIGDTSVEELLSHGRYFKCALRDQERGKPKSRAIFLSHPFFRLLSSVVETHARSVLSKVSAVYTATASAEQRAMMAAQVVESRKHVLNGDCTKYNEAIDADTLLKVWDAIGMGSIGVMLAYMVRRKCVLIKDTLVECPGGMLMGMFNATATLALQGTTDRFLSFSDDFITSFNSPAELREIEDLLFASCHNLSLKKSYISVASLEINSCTLTRDGDLATGLGCTAGVPFRGPLVTLKQTAAMLSGAVDSGVMPFHSAERLFQIKQQECAYRYNNPTYTTRNEDFLPTCLGGKTVISFQSLLTWDCHPFWYQVHPDGPDTIDQKVLSVLASKTRRRRTRLEALSDLDPLVPHRLLVSESDVSKIRAARQAHLKSLGLEQPTNFNYAIYKAVQPTAGC

来源 Source

来源生物 organism	Tilapia lake virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1549864
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	RNA-dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	53782.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSQFGKSFKGRTEVTITEYRSHTVKDVHRSLLTADKSLRKSFCFRNALNQFLDKDLPLLPIRPKLESRVAVKKSKLRSQLSFRPGLTQEEAIDLYNKGYDGDSVSGALQDRVVNEPVAYSSADNDKFHRGLAALGYTLADRAFDTCESGFVRAIPTTPCGFICCGPGSFKDSLGFVIKIGEFWHMYDGFQHFVAVEDAKFLASKSPSFWLAKRLAKRLNLVPKEDPSVAAAECPCKKVWEASFARAPTALDPFGGRAFCDQGWVYHRDVGYATANHISQETLFQQALSVRNLGPQGSANVSGSIHTALDRLRAAYSRGTPASRSILQGLANLITPVGENFECDLDKRKLNIKALRSPERYITIEGLVVNLDDVVRGFYLDKAKVTVLSRSKWMGYEDLPQKPPNGTFYCRKRKAMLLISCSPGTYAKKRKVAVQEDRFKDMRVENFREVAENMDLNQGSGSENLYFQGHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Tilapia lake virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1549864
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	;5' cRNA end - cRNA loop (40-mer) ;
分子量 formula_weight	12828.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	V,S

CCAAAUUUUACUCACAAGUCAGGACGUGAGAAAGAUUUGC

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	107798

fit	/app/data/saxs_computation/ps/8psq/8psq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ps/8psq/8psq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ps/8psq/8psq.dat

Tilapia Lake Virus polymerase in cRNA pre-initiation state mode A (core only)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)