8pw0

Manganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed with manganese and bound to dr1709 promotor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pw0
沉积日期 deposition_date	2023-07-18
结构标题 title	Manganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed with manganese and bound to dr1709 promotor
关键词 keywords	Transcriptional regulator, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.19 Å
零角强度 I(0) i0	11938800.00
分子量 molecular_weight	21491.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24930 Å³
包络体积 envelope_volume	34150 Å³
水化壳体积 shell_volume	15052 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.25 Å
包络 Rg envelope_rg	21.54 Å
形状 Rg shape_rg	21.14 Å
总 Rg total_rg	21.82 Å
总原子数 total_atoms	1479
残基数 n_residues	158
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9055
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	627700.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.907

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Iron dependent repressor, putative
分子量 formula_weight	15922.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2004

GAMGTRTLSPSAEDYLKHLYGLGQSGKVSTQALAAALGVAPASVTGMLRKLTEQGLVSHAPYQGARLTAEGERVALEVLRHHRLLELFLHRALGVPLDEVHDEAEALEHALSERLEARIAAWLGDPTHDPHGDPIPTLEGELPARAER

来源 Source

来源生物 organism	Deinococcus radiodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPTPTPTPAPGPGPCPGPCPGPAPCPTPAPAPAPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6461.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TATTTTAGGCGCGACTAAAAT

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.710 Å
晶胞边长 b length_b	67.710 Å
晶胞边长 c length_c	158.137 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	47.880 Å
R 因子 r_factor	0.1849
R_work r_work	0.1826
R_free r_free	0.2273

fit	/app/data/saxs_computation/pw/8pw0/8pw0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pw/8pw0/8pw0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pw/8pw0/8pw0.dat

Manganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed with manganese and bound to dr1709 promotor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)