8pwu

PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-255

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 222.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pwu
沉积日期 deposition_date	2023-07-21
结构标题 title	PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-255
关键词 keywords	Plasmodium falciparum, malaria, monoclonal antibody, growth-inhibition, blood stage, erythrocyte invasion, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.49 Å
零角强度 I(0) i0	1511710000.00
分子量 molecular_weight	331500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	417760 Å³
包络体积 envelope_volume	595650 Å³
水化壳体积 shell_volume	90401 Å³
包络直径 envelope_diameter	286.8 Å
壳层 Rg shell_rg	52.91 Å
包络 Rg envelope_rg	63.75 Å
形状 Rg shape_rg	62.40 Å
总 Rg total_rg	62.52 Å
总原子数 total_atoms	23343
残基数 n_residues	2848
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	222.4 Å
Rg (实空间) rg_real	61.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5080e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1506000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	59.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.800
峰度 Kurtosis kurtosis	0.407
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0185
最高正则化参数 α highest_alpha	82720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.733

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Reticulocyte-binding protein homolog 5
分子量 formula_weight	40962.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	23363

KNVNFLQYHFKELSNYNIANSIDILQEKEGHLDFVIIPHYTFLDYYKHLSYNSIYHKSSTYGKYIAVDAFIKKINEAYDKVKSKCNDIKNDLIATIKKLEHPYDINNKNRAFKKMMDEYNTKKKKLIKCIKNHENDFNKICMDMKNYGTNLFEQLSCYNNNFCNTNGIRYHYDEYIHKLILSVKSKNLNKDLSDMTNILQQSELLLTNLNKKMGSYIYIDTIKFIHKEMKHIFNRIEYHTKIINDKTKIIQDKIKLNIWRTFQKDELLKRILDMSNEYSLFITSDHLRQMLYNTFYSKEKHLNNIFHHLIYVLQMKFNDVPIKMEYFQTYKKNKPLTQ

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	monoclonal antibody MAD10-255
分子量 formula_weight	26947.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISTYYWSWIRQPPGKGLEWLGYIYHSGSTDYNPSLESRVTISVDTSRTRFSLRLRSVTAADTAVYYCARSTTMIQQYFDYWGRGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASLGDRVTITCQASQGISNSLNWYQQKPGKAPKVLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTITSLQPEDIATYYCQQYHYLPLTFGGGTKLEIKGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.309 Å
晶胞边长 b length_b	134.522 Å
晶胞边长 c length_c	198.667 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.148 Å
最低分辨率 resolution_low	87.450 Å
R 因子 r_factor	0.2431
R_work r_work	0.2419
R_free r_free	0.2636

fit	/app/data/saxs_computation/pw/8pwu/8pwu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pw/8pwu/8pwu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pw/8pwu/8pwu.dat

PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-255

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)