8pyz

Structure of Ompk36GD from Klebsiella pneumonia, solved at wavelength 4.13 A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pyz
沉积日期 deposition_date	2023-07-26
最后修订 last_revision	2023-10-25
结构标题 title	Structure of Ompk36GD from Klebsiella pneumonia, solved at wavelength 4.13 A
关键词 keywords	Membrane protein, carbapenemase; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.28 Å
零角强度 I(0) i0	225803000.00
分子量 molecular_weight	115650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	142600 Å³
包络体积 envelope_volume	181360 Å³
水化壳体积 shell_volume	47828 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.33 Å
包络 Rg envelope_rg	29.96 Å
形状 Rg shape_rg	30.30 Å
总 Rg total_rg	30.99 Å
总原子数 total_atoms	8196
残基数 n_residues	1038
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	225800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.633
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.943

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	OmpK36
分子量 formula_weight	38231.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,C
原子数 atom_count	8278

GAEIYNKDGNKLDLYGKIDGLHYFSDDKSVDGDQTYMRVGVKGETQINDQLTGYGQWEYNVQANNTESSSDQAWTRLAFAGLKFGDAGSFDYGRNYGVVYDVTSWTDVLPEFGGDGDTYGSDNFLQSRANGVATYRNSDFFGLVDGLNFALQYQGKNGSVSGEGATNNGRGWSKQNGDGFGTSLTYDIWDGISAGFAYSHSKRTDEQNSVPALGRGDNAETYTGGLKYDANNIYLASQYTQTYNATRAGSLGFANKAQNFEVVAQYQFDFGLRPSVAYLQSKGKDLERGYGDQDILKYVDVGATYYFNKNMSTYVDYKINLLDDNSFTRNAGISTDDVVALGLVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	233.033 Å
晶胞边长 b length_b	74.366 Å
晶胞边长 c length_c	90.119 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	83.530 Å
R 因子 r_factor	0.2001
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2408

fit	/app/data/saxs_computation/py/8pyz/8pyz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/py/8pyz/8pyz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/py/8pyz/8pyz.dat

Structure of Ompk36GD from Klebsiella pneumonia, solved at wavelength 4.13 A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction