8q1f

;D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with native beta-glucose 1,6-bisphosphate intermediate ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q1f
沉积日期 deposition_date	2023-07-31
最后修订 last_revision	2024-08-07
结构标题 title	;D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with native beta-glucose 1,6-bisphosphate intermediate ;
关键词 keywords	mutase, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.18 Å
零角强度 I(0) i0	39851200.00
分子量 molecular_weight	49509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62276 Å³
包络体积 envelope_volume	75970 Å³
水化壳体积 shell_volume	25226 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.26 Å
包络 Rg envelope_rg	26.25 Å
形状 Rg shape_rg	26.17 Å
总 Rg total_rg	26.92 Å
总原子数 total_atoms	3479
残基数 n_residues	442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8556
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.804; Smooth: 0.971

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-phosphoglucomutase
分子量 formula_weight	24212.6 kDa
突变 mutation	D10N and P146A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4087

MFKAVLFDLNGVITDTAEYHFRAWKALAEEIGINGVDRQFNEQLKGVSREDSLQKILDLADKKVSAEEFKELAKRKNDNYVKMIQDVSPADVYPGILQLLKDLRSNKIKIALASASKNGPFLLERMNLTGYFDAIADPAEVAASKAAPDIFIAAAHAVGVAPSESIGLEDSQAGIQAIKDSGALPIGVGRPEDLGDDIVIVPDTSHYTLEFLKEVWLQKQK

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,6-di-O-phosphono-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	485

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	32.023 Å
晶胞边长 b length_b	79.663 Å
晶胞边长 c length_c	79.848 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.010 Å
最低分辨率 resolution_low	39.830 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1152
R_free r_free	0.1348

fit	/app/data/saxs_computation/q1/8q1f/8q1f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q1/8q1f/8q1f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q1/8q1f/8q1f.dat