8q1y

Outward-facing, open2 proteoliposome complex I at 2.6 A, after deactivation treatment. Initially purified in LMNG.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 218.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q1y
沉积日期 deposition_date	2023-08-01
结构标题 title	Outward-facing, open2 proteoliposome complex I at 2.6 A, after deactivation treatment. Initially purified in LMNG.
关键词 keywords	Complex I, Oxidoreductase, Proteoliposomes, Membrane-bound, metabolism, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	81.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	81.34 Å
零角强度 I(0) i0	12105100000.00
分子量 molecular_weight	988610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1258200 Å³
包络体积 envelope_volume	1761200 Å³
水化壳体积 shell_volume	184210 Å³
包络直径 envelope_diameter	302.5 Å
壳层 Rg shell_rg	74.88 Å
包络 Rg envelope_rg	80.96 Å
形状 Rg shape_rg	81.42 Å
总 Rg total_rg	81.00 Å
总原子数 total_atoms	69324
残基数 n_residues	8228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	218.5 Å
Rg (实空间) rg_real	77.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1730e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4000e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12030000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	80.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1071
最高正则化参数 α highest_alpha	675100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 0.979; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (59)

Entity 1 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
分子量 formula_weight	13086.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	69324

MNLMLALLTNFTLATLLVIIAFWLPQLNVYSEKTSPYECGFDPMGSARLPFSMKFFLVAITFLLFDLEIALLLPLPWASQTANLNTMLTMALFLIILLAVSLAYEWTQKGLEWTE

Entity 2 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
分子量 formula_weight	23802.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAALAALRLLHPILAVRSGVGAALQVRGVHSSMAADSPSSTQPAVSQARAVVPKPAALPSSRGEYVVAKLDDLINWARRSSLWPMTFGLACCAVEMMHMAAPRYDMDRFGVVFRASPRQSDVMIVAGTLTNKMAPALRKVYDQMPEPRYVVSMGSCANGGGYYHYSYSVVRGCDRIVPVDIYVPGCPPTAEALLYGILQLQKKIKREKRLRIWYRR

Entity 3 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
分子量 formula_weight	30323.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAAAVAAAARGCWQRLVGSAAPARVAGRPSVLLLPVRRESSAADTRPTVRPRNDVAHKQLSAFGEYVAEILPKYVQQVQVSCFNELEICIHPDGVIPVLTFLRDHSNAQFKSLADLTAVDIPTRQNRFEIVYNLLSLRFNSRIRVKTYTDELTPIESSVPVYKAANWYEREIWDMFGVFFANHPDLRRILTDYGFEGHPFRKDFPLSGYVELRYDDEVKRVVAEPVELAQEFRKFDLNSPWEAFPAYRQPPESLKLEAGDTKPEAK

Entity 4 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	52678.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAALRALCRLRGAAAQVLRPGAGVRLPIQPSRGARQWQPDVEWAEQYGGAVMYPTKETAHWKPPPWNDVDPPKDTLVSNLTLNFGPQHPAAHGVLRLVMELSGEMVRKCDPHIGLLHRGTEKLIEYKTYLQALPYFDRLDYVSMMCNEQAYSLAVEKLLNIRPPPRAQWIRVLFGEITRLLNHIMAVTTHALDIGAMTPFFWMFEEREKMFEFYERVSGARMHAAYVRPGGVHQDLPLGLMDDIYEFSKNFSLRIDELEEMLTNNRIWRNRTVDIGIVTAEDALNYGFSGVMLRGSGIQWDLRKTQPYDVYDQVEFDVPIGSRGDCYDRYLCRVEEMRQSIRIISQCLNKMPPGEIKVDDAKVSPPKRAEMKTSMESLIHHFKLYTEGYQVPPGATYTAIEAPKGEFGVYLVSDGSSRPYRCKIKAPGFAHLAGLDKMSKGHMLADVVAIIGTQDIVFGEVDR

Entity 5 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	27341.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3,1.6.99.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MFLSAALRARAAGLAAHWGKHIRNLHKTAVQNGAGGALFVHRDTPENNPETPFDFTPENYKRIEAIVKNYPEGHKAAAVLPVLDLAQRQNGWLPISAMNKVAEILQVPPMRVYEVATFYTMYNRKPVGKYHIQVCTTTPCMLRNSDSILEAIQKKLGIKVGETTPDKLFTLIEVECLGACVNAPMVQINDNYYEDLTPKDIEEIIDELKAGKIPKPGPRSGRFSCEPAGGLTSLTEPPKGPGFGVQAGL

Entity 6 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	50718.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3,1.6.99.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MLAARRLLGGSLPARVSVRFSGDTTAPKKTSFGSLKDEDRIFTNLYGRHDWRLKGAQSRGDWYKTKEILLKGPDWILGEVKTSGLRGRGGAGFPTGLKWSFMNKPSDGRPKYLVVNADEGEPGTCKDREIIRHDPHKLVEGCLVGGRAMGARAAYIYIRGEFYNEASNLQVAIREAYEAGLIGKNACGSGYDFDVFVVRGAGAYICGEETALIESIEGKQGKPRLKPPFPADVGVFGCPTTVANVETVAVSPTICRRGGAWFASFGRERNSGTKLFNISGHVNNPCTVEEEMSVPLKELIEKHAGGVTGGWDNLLAVIPGGSSTPLIPKSVCETVLMDFDALIQAQTGLGTAAVIVMDRSTDIVKAIARLIEFYKHESCGQCTPCREGVDWMNKVMARFVRGDARPAEIDSLWEISKQIEGHTICALGDGAAWPVQGLIRHFRPELEERMQQFAQQHQARQAAF

Entity 7 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	79532.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MLRIPVRKALVGLSKSSKGCVRTTATAASNLIEVFVDGQSVMVEPGTTVLQACEKVGMQIPRFCYHERLSVAGNCRMCLVEIEKAPKVVAACAMPVMKGWNILTNSEKTKKAREGVMEFLLANHPLDCPICDQGGECDLQDQSMMFGSDRSRFLEGKRAVEDKNIGPLVKTIMTRCIQCTRCIRFASEIAGVDDLGTTGRGNDMQVGTYIEKMFMSELSGNIIDICPVGALTSKPYAFTARPWETRKTESIDVMDAVGSNIVVSTRTGEVMRILPRMHEDINEEWISDKTRFAYDGLKRQRLTEPMVRNEKGLLTHTTWEDALSRVAGMLQSFQGNDVAAIAGGLVDAEALIALKDLLNRVDSDTLCTEEVFPTAGAGTDLRSNYLLNTTIAGVEEADVVLLVGTNPRFEAPLFNARIRKSWLHNDLKVALIGSPVDLTYRYDHLGDSPKILQDIASGSHPFSQVLQEAKKPMVILGSSALQRNDGAAILAAVSNIAQKIRTSSGVTGDWKVMNILHRIASQVAALDLGYKPGVEAIQKNPPKMLFLLGADGGCITRQDLPKDCFIVYQGHHGDVGAPIADVILPGAAYTEKSATYVNTEGRAQQTKVAVTPPGLAREDWKIIRALSEIAGMTLPYDTLDQVRNRLEEVSPNLVRYDDVEGANYFQQASELSKLVNQQLLADPLVPPQLTIKDFYMTDSISRASQTMAKCVKAVTEGAHAVEEPSIC

Entity 8 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
分子量 formula_weight	35716.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MFMINILMLIIPILLAVAFLTLVERKVLGYMQLRKGPNVVGPYGLLQPIADAIKLFIKEPLRPATSSASMFILAPIMALGLALTMWIPLPMPYPLINMNLGVLFMLAMSSLAVYSILWSGWASNSKYALIGALRAVAQTISYEVTLAIILLSVLLMSGSFTLSTLITTQEQMWLILPAWPLAMMWFISTLAETNRAPFDLTEGESELVSGFNVEYAAGPFALFFMAEYANIIMMNIFTAILFLGTSHNPHMPELYTINFTIKSLLLTMSFLWIRASYPRFRYDQLMHLLWKNFLPLTLALCMWHVSLPILTSGIPPQT

Entity 9 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
分子量 formula_weight	23926.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MRCLTMPMLLRALAQAQAARAGHASVRGLHSSAVAATYKYVNLREPSMDMKSVTDRAAQTLLWTELIRGLGMTLSYLFREPATINYPFEKGPLSPRFRGEHALRRYPSGEERCIACKLCEAVCPAQAITIEAEPRADGSRRTTRYDIDMTKCIYCGFCQEACPVDAIVEGPNFEFSTETHEELLYNKEKLLNNGDKWEAEIAANIQADYLYR

Entity 10 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
分子量 formula_weight	19110.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MMLYIVFILSVIFVMGFVGFSSKPSPIYGGLGLIVSGGVGCGIVLNFGGSFLGLMVFLIYLGGMMVVFGYTTAMATEQYPEIWLSNKAVLGAFVTGLLMEFFMVYYVLKDKEVEVVFEFNGLGDWVIYDTGDSGFFSEEAMGIAALYSYGTWLVIVTGWSLLIGVVVIMEITRGN

Entity 11 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
分子量 formula_weight	10828.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSMVYMNIMMAFTVSLVGLLMYRSHLMSSLLCLEGMMLSLFVMAALTILNSHFTLASMMPIILLVFAACEAALGLSLLVMVSNTYGTDYVQNLNLLQC

Entity 12 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
分子量 formula_weight	68355.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MNMFSSLSLVTLLLLTMPIMMMSFNTYKPSNYPLYVKTAISYAFITSMIPTMMFIHSGQELIISNWHWLTIQTLKLSLSFKMDYFSMMFIPVALFVTWSIMEFSMWYMYSDPNINKFFKYLLLFLITMLILVTANNLFQLFIGWEGVGIMSFLLIGWWYGRADANTAALQAILYNRIGDIGFILAMAWFLTNLNTWDLQQIFMLNPSDSNMPLIGLALAATGKSAQFGLHPWLPSAMEGPTPVSALLHSSTMVVAGIFLLIRFYPLTENNKYIQSITLCLGAITTLFTAMCALTQNDIKKIIAFSTSSQLGLMMVTIGINQPYLAFLHICTHAFFKAMLFMCSGSIIHSLNDEQDIRKMGGLFKAMPFTTTALIVGSLALTGMPFLTGFYSKDLIIEAANTSYTNAWALLMTLIATSFTAIYSTRIIFFALLGQPRFPTLVNINENNPLLINSIKRLLIGSLFAGYIISNNIPPTTIPQMTMPYYLKTTALIVTILGFILALEISNMTKNLKYHYPSNAFKFSTLLGYFPTIMHRLAPYMNLSMSQKSASSLLDLIWLEAILPKTISLAQMKASTLVTNQKGLIKLYFLSFLITILISMILFNFHE

Entity 13 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
分子量 formula_weight	52158.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MLKYIIPTIMLMPLTWLSKNNMIWVNSTAHSLLISFTSLLLMNQFGDNSLNFSLLFFSDSLSTPLLILTMWLLPLMLMASQHHLSKENLTRKKLFITMLISLQLFLIMTFTAMELILFYILFEATLVPTLIIITRWGNQTERLNAGLYFLFYTLAGSLPLLVALIYIQNTVGSLNFLMLQYWVQPVHNSWSNVFMWLACMMAFMVKMPLYGLHLWLPKAHVEAPIAGSMVLAAVLLKLGGYGMLRITLILNPMTDFMAYPFIMLSLWGMIMTSSICLRQTDLKSLIAYSSVSHMALVIVAILIQTPWSYMGATALMIAHGLTSSMLFCLANSNYERIHSRTMILARGLQTLLPLMATWWLLASLTNLALPPTINLIGELFVVMSTFSWSNITIILMGVNMVITALYSLYMLIMTQRGKYTYHINNISPSFTRENALMSLHILPLLLLTLNPKIILGPLY

Entity 14 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
分子量 formula_weight	39302.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MNPIIFIIILLTIMLGTIIVMISSHWLLVWIGFEMNMLAIIPIMMKNHNPRATEASTKYFLTQSTASMLLMMAVIINLMFSGQWTVMKLFNPMASMLMTMALAMKLGMAPFHFWVPEVTQGIPLSSGLILLTWQKLAPMSVLYQIFPSINLNLILTLSVLSILIGGWGGLNQTQLRKIMAYSSIAHMGWMTAVLPYNPTMTLLNLIIYIIMTSTMFTMFMANSTTTTLSLSHTWNKTPIMTVLILATLLSMGGLPPLSGFMPKWMIIQEMTKNNSIILPTFMAITALLNLYFYMRLTYSTTLTMFPSTNNMKMKWQFPLMKKMTFLPTMVVLSTMMLPLTPMLSVLE

Entity 15 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
分子量 formula_weight	39331.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MALRLLRLVPPRVGGIHTSVQFKLQYGPLAYILGEKATKKMTEKSKLITVDGNICSGKSKLAKEIAEKLGLKHFPEAGIHYVDSTTGDGKPLPVQFSGNCSLEKFYDDPKSNDGNSYRLQAWLYASRLLQYADALEHLLSTGQGVVLERSIYSDFVFLEAMYRQGFIRKQCVDHYNQVKKVTICEYLPPHVVVYVDVPVPEVQSRIQKKGNPHEMKITSAYLQDIENAYKGTFLPEMSEKCEVLQYSAWEAQDAEKVVEDIEYLKYDKGPWLDQNDRKLHKLRMLVQDKLEVLNYTSIPVFLPEVTVGAHQSDQVFQEFTELPGRKYRAGYNEDVGDKWIWLK

Entity 16 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	42913.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAAAVHPRVVRVLPMSRSSVPALAASVFHSPPQRQLHHAVIPHGKGGRSSVSGIVATVFGATGFLGRYVVNHLGRMGSQVIVPHRCEPYDTMHLRPMGDLGQIIFMDWNGRDKDSIRRAVEHSSVVINLVGREWETQNFDFEDVFVKIPQAIAQVSKEAGVEKFIHISHLNADIKSSSKYLRSKAVGEKEVRETFPEATIIKPAEIFGREDRFLNYFANIRWFGGVPLISLGKKTVKQPVYIVDVTKGIINAIKDPDARGKTFAFVGPSRYLLFDLVQYVFAVAHRPFLPYPLPHFAYRWIGRLFEISPFEPWTTRDKVERIHTTDKILPHLPGLEDLGVEATPLELKAIEVLRRHRTYRWLSSEIEDVQPAKTIPTSGP

Entity 17 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
分子量 formula_weight	19841.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MAAVSMSVALRQALWGRRVATVAAVSVSKVSTRSLSTSTWRLAQDQTRDTQLITVDEKLDITTITGVPEEHIKTRKARIFVPARNNMQSGVNNTKKWKMEFDTRERWENPLMGWASTADPLSNLVLTFSTKEDAVAFAEKNGWSYDVEERKVPKPKSKSYGANFSWNKRTRVSTK

Entity 18 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	13433.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MAAVLTFLRFLGRGGAVTRGLPGGARCFGVRTSPTGEKVTHTGQVYDDGDYRKVRFVGRQKEVNENFAIDLIAEQPVSQVGSRVISCDGGGGALGHPRVYINLDKETKTGTCGYCGLQFRQQHH

Entity 19 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
分子量 formula_weight	11097.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MAAAAAIRGVRGKLGLREIRIHLCQRSPGSQGVRDFIEKRYVELKKANPDLPILIRECSDVQPKLWARYAFGQEKNVSLNNFSADQVTRALENVLSSKA

Entity 20 polymer

描述 description	Acyl carrier protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	17421.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,U

MAVRVLCACVRRLPTAFAPLPRLPTLAAARPLSTTLFAAETRTRPGAPLPALVLAQVPGRVTQLCRQYSDAPPLTLEGIKDRVLYVLKLYDKIDPEKLSVNSHFMKDLGLDSLDQVEIIMAMEDEFGFEIPDIDAEKLMCPQEIVDYIADKKDVYE

Entity 21 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
分子量 formula_weight	13334.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MAGLLKKTTGLVGLAVCETPHERLKILYTKILDVLGHIPKNAAYRKYTEQITNEKLSMVKAEPDVKKLEERLQGGQIEEVILQAENELSLARKMIQWKPWEPLVEEPPASQWKWPI

Entity 22 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
分子量 formula_weight	15083.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MAASGLRQAAVAASTSVKPIFSRDMNEAKRRVRELYRAWYREVPNTVHLFQLDISVKQGRDKVREMFKKNAHITDPRVVDLLVIKGKMELEETIKVWKQRTHVMRFFHETEAPRPKDFLSKFYVGHDP

Entity 23 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
分子量 formula_weight	20124.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MPGIVELPSLEDLKVQEVKVSSSVLKAAAHHYGAQCDKPNKEFMLCRWEEKDPRRCLEEGKLVNQCALEFFRQIKRHCAEPFTEYWTCIDYSGLQLFRRCRKQQAQFDECVLDKLGWVRPDLGDLSKVTKVKTDRPLPENPYHSRARPEPNPEVEGDLKPARHGSRLFFWTM

Entity 24 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
分子量 formula_weight	14814.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MAKTVLRQYWDIPEGTECHRKTYATTSIGGAAGLVVSAYSVALKTPTSFLEGVARTGRYTFTAAAIGAIFGLTSCISAQVREKPDDPLNYLIGGCAGGLILGARTRSYGIGAAACAYMGLTAALVKMGQLEGWQVFAEPKV

Entity 25 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
分子量 formula_weight	16694.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAASKVKQDMPPVGGYGPIDYKRNLPRRGLSGYSMFAVGIGALLFGYWSMMKWNRERRRLQIEDFEARIALMPLLQAEKDRRVLQMLRENLEEEATVMKDVPGWKVGESVFHTTRWVTPMMGELYGLRASEEVLSATYGFIWYT

Entity 26 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
分子量 formula_weight	8117.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MWFEVLPGIAVMGVCLFIPGMATARIHRFSNGGKEKRVAHYPYQWYLMERDRRVSGVNRSYVSKGLENID

Entity 27 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
分子量 formula_weight	9399.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MAERVAAFLKNVWAKEPVLVASFAIAGLAVILPTLSPYTKYSLMINRATPYNYPVPLRDDGNMPDVPSHPQDPQGPSLEWLKRL

Entity 28 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
分子量 formula_weight	8796.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MAPSALLRPFWKLLAPARFPSVSSSRSKFYIQEPPHGSPNWLKVGLTLGTSVFLWIYLIKQHNEDVLEYKRRNGLE

Entity 29 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
分子量 formula_weight	14159.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MMTGRQGRATFQFLPDEARSLPPPKLTDPRLAFVGFLGYCSGLIDNAIRRRPVLLAGLHRQLLYITSFVFVGYYLLKRQDYMYAVRDHDMFSYIKSHPEDFPEKDKKTYGEVFEEFHPVR

Entity 30 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
分子量 formula_weight	12694.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MPFFDVQKRLGVDLDRWMTIQSAEQPHKIPSRCHAFEKEWIECAHGIGSIRAEKECKIEFEDFRECLLRQKTMKRLHAIRRQREKLIKEGKYTPPPHHSGQEEPRS

Entity 31 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
分子量 formula_weight	6978.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MNLLQVVRDHWVHVLVPMGFVFGYYLDRKNDEKLTAFRNKSLLYKRELKPNEEVTWK

Entity 32 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
分子量 formula_weight	17594.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MAARMLGLCGRRLLAVAATRGLPAARVRWESSSSRAVIAPSTLAGKRPSEPTLRWQEDPEPEDENLYEKNPDSHGYDKDPAVDIWNMRVVFFFGFSIVLVLGSTFVAYLPDYRMQEWARREAERLVKYREAHGLPIMESNCFDPSKIQLPEDED

Entity 33 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
分子量 formula_weight	21624.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MAAMSLLHRASVSAVAALSGRRLGTRLGFGGFLTRDFPKTVAPVRHSGDHGKRLFIIKPSGFYDKRFLKLLRFYILLTGIPVAIGITLINVFIGEAELAEIPEGYVPEHWEYFKHPISRWIARTFFDGPEKNYERTMAILQIEAEKAELRLKELEVRRLMRARGDGPWFHYPTIDKELIDHSPKATPDN

Entity 34 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
分子量 formula_weight	15592.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MSGYTPEEKLRLQQLRELRRRWLKDQELSPREPVLPPQRVSPVERFWNKFLQDGALWKNVIYKTYRHSIFAFTHVLIPVWIIHYYLKYHVTTKPYTIVEKKPRIFPGDTILETGEVIPPMKEFPDQHH

Entity 35 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	12298.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MAGMSALKRLAPFAHVGGHLFRGRCARAAGARGVRRAGGGAHIEPRYRQFPQLTRSQVIQAEFFSATMWFWILWRFWHDSDAVLGHFPYPDPSQWTDEELGIPPDDED

Entity 36 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
分子量 formula_weight	11160.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MAHGHGHEHGPSKMELPDYKQWKIEGTPLETVQEKLAARGLRDPWGRNEAWRYMGGFANNVSFVGALLKGFKWGFAAFVVAIGAEYYLESQKKDKKHH

Entity 37 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
分子量 formula_weight	21678.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MAAARAGVLGVRWLQKAARNVVPLGARTASHITKDMLPGPYPKTPEERAAAAKKYNMRVEDYEPYPDDGTGYGDYPKLPDRSQQERDPWYDWDHPDLRLNWGEPMHWDLDMYIRNRVDTSPTPVNWNLMCKHLFGFVAFMLFMFWVGETYPAYQPVGPKQYPYNNLYLERGGDPNKEPEPVVHYEI

Entity 38 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
分子量 formula_weight	15248.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MSFPKYEASRLSSLPTTLDPAEYDISSETRKAQAERLAIRSRLKREYQLQYYDPSRRGVIEDPALVRWTYARSANIYPNFRPNTKTSLLGALFGIGPLVFWYYVFKTDRDRKEKLIQEGKLDRTFNISY

Entity 39 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
分子量 formula_weight	21827.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MAFLSSGAYLTHQQKVLRLYKRALRHLESWCIHRDKYRYFACLLRARFDEHKNEKDMVKATQLLREAEEEFWHGQHPQPYIFPESPGGTSYERYECYKVPEWCLDDWHPSEKAMYPDYFAKREQWKKLRRESWEREVKQLQEETPVGGPRTEALPPARKQGDLPPLWWHIVTRPRERPM

Entity 40 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
分子量 formula_weight	16428.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MGAHLARRYLGDASVEPDPLRMPTFPPDYGFPERKEREMVATQQEMNDAQLVLQQRDYCAHYLIRFLKCKRDSFPNFLACKHERHDWDYCEHLDYVKRMKEFERERRLLQRKKRREQREADMAKGLGPGEVAPEVAL

Entity 41 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
分子量 formula_weight	21000.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MPDSWDKDVYPEPPRRTPAPSPQTSLPNPITYLTKAFDLLVDRPVTLVREFIERQHAKNKYYYYHREFRRVPDITECQEKDVLCMFEAEMQWRRDYKVDQEIVNIIQERLKACQQREGESHRQNCAKELEQFTQVVKAYQDRYHDLGAHYSARKCLAKQKQRMLAERKAAKEAAAA

Entity 42 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
分子量 formula_weight	17157.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q

MELLQVLKRGLQQVSGHGGLRGYLRVLFRANDVRVGTLVGEDKYGNKYYEDNKQFFGRHRWVIYTTEMNGKNTFWDVDGSMVPPEWHRWLHCMTDDPPTVKPPTARKFIWTNHKFNLSGTPQQYVPYSTTRKKIQEWVPPSTPYK

Entity 43 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
分子量 formula_weight	12737.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r

MASATRFIQWLRNWASGRDLQAKLQLRYQEISKRTQPPPKLPVGPSHKLSNNYYCTRDGRREAMPPSIVMSSQKVLVAGKPAESSAVAASEKKAVSPAPPIKRWELSQDEPYL

Entity 44 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
分子量 formula_weight	11874.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

MAASLLLRQGRAGALKTVLLEAGVFRGVAPAVSLSAESGKNEKGLPPNPKKQSPPKKPVSAAPTEPFDNTTYKNLQHHDYSTYTFLDLNLDLSKFRMPQPSSGRESPRH

Entity 45 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

Entity 46 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 47 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 48 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 49 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 50 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 51 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 52 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 53 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 54 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 55 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 56 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 57 non-polymer

描述 description	;~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate ;
分子量 formula_weight	584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 58 non-polymer

描述 description	CHOLIC ACID
分子量 formula_weight	408.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 59 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	93255

fit	/app/data/saxs_computation/q1/8q1y/8q1y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q1/8q1y/8q1y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q1/8q1y/8q1y.dat

Outward-facing, open2 proteoliposome complex I at 2.6 A, after deactivation treatment. Initially purified in LMNG.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (59)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 polymer

聚合体 Polymer

Entity 30 polymer

聚合体 Polymer

Entity 31 polymer

聚合体 Polymer

Entity 32 polymer

聚合体 Polymer

Entity 33 polymer

聚合体 Polymer

Entity 34 polymer

聚合体 Polymer

Entity 35 polymer