8q40

Crystal structure of cA4 activated Can2 in complex with a cleaved DNA substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q40
沉积日期 deposition_date	2023-08-04
结构标题 title	Crystal structure of cA4 activated Can2 in complex with a cleaved DNA substrate
关键词 keywords	Can2, cyclic oligoadenylates, cA4, CARF, CRISPR ancillary nuclease, Protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.57 Å
零角强度 I(0) i0	163280000.00
分子量 molecular_weight	105040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132540 Å³
包络体积 envelope_volume	159130 Å³
水化壳体积 shell_volume	42889 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.22 Å
包络 Rg envelope_rg	30.74 Å
形状 Rg shape_rg	30.58 Å
总 Rg total_rg	31.16 Å
总原子数 total_atoms	7405
残基数 n_residues	884
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8863
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	74440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DUF1887 family protein
分子量 formula_weight	51400.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7580

SNMNEKVLVLIVGTNPLPNYVVGSHLKEKYDKFVLIYSEKNDKINQNSTYDYAKKLKEHLNLNDKCIFLPLSDVSNSEKIINDLREKFPSEDFVEVHLNYTGGTKTMVVHIYNFLKEKFKNNKIKFEGSYLDARDYKLVYDYSEEAISLKDTIKIDINTLLSIHLYEDIHFEFYDTYSYKQKFVDSFDKISQEIEKAIKDDKGEDFVKWLEDPFRKIFKGENKLLEKTAKFKKHIEKLLKDNDSSPIVKFNEKTPQFIWDILNAFPEGKKLNDGQKLWIPDDKITNDNLSSRVKDTVEFLNGKWFEWYVYSQIKSELLDRKLKEGEHFGISLKAQKKDSPYFELDIFLINGYQLIGISLTTSSTRELCKLKGFEVIHRVRQIGGDESKAILITGMDKSKTEDLQKDLAYETGSTQKRFVVFGIDDWADIGSKICEEVFK

来源 Source

来源生物 organism	Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	509193
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2707.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,C

AATCAATCA

Entity 3 polymer

描述 description	Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
分子量 formula_weight	1271.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X

AAAA

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.696 Å
晶胞边长 b length_b	79.062 Å
晶胞边长 c length_c	94.579 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	47.120 Å
R 因子 r_factor	0.1983
R_work r_work	0.1962
R_free r_free	0.2359

fit	/app/data/saxs_computation/q4/8q40/8q40.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q4/8q40/8q40.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q4/8q40/8q40.dat

Crystal structure of cA4 activated Can2 in complex with a cleaved DNA substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)