8q4d

IstA-IstB(E167Q) Strand Transfer Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 229.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q4d
沉积日期 deposition_date	2023-08-06
最后修订 last_revision	2024-07-10
结构标题 title	IstA-IstB(E167Q) Strand Transfer Complex
关键词 keywords	;DNA transposition, DNA integration, transposon, transpososome, holo-transpososome, insertion sequence, IS21, IstA, IstB, DDE transposase, DDE domain, AAA+ ATPase, DNA strand transfer complex, STC, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.80 Å
零角强度 I(0) i0	13532900000.00
分子量 molecular_weight	901410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1092600 Å³
包络体积 envelope_volume	1981700 Å³
水化壳体积 shell_volume	198810 Å³
包络直径 envelope_diameter	296.5 Å
壳层 Rg shell_rg	76.74 Å
包络 Rg envelope_rg	84.08 Å
形状 Rg shape_rg	86.74 Å
总 Rg total_rg	86.87 Å
总原子数 total_atoms	121969
残基数 n_residues	6858
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	229.8 Å
Rg (实空间) rg_real	84.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2930e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0670e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	86.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13500000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9090
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	102.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.656
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0350
最高正则化参数 α highest_alpha	725400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 0.964; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative transposase for insertion sequence element IS5376
分子量 formula_weight	44012.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	121969

MITRGEFFMIKEMYERGMSISDIARELGIDRKTVRKYIHSPNPPSKSKRKQRKSKLDPFKPYLQKRMLEDGVFNSEKLFFEIRQQGYTGGKTILKDYMKPFRETAKKKYTVRYETLPGEQMQVDWKEVGEVVIEGKKVKLSLFVATLGYSRMKYAVFTTSQDQEHLMECLIQSFKYFGGVPKKVLFDNMKTVTDGREQGVVKWNQRFSEFASYYGFIPKVCRPYRAQTKGKVERAIQYIMDHFYVGTAFESIEELNFLLHRWLDQVANRKPNATTGISPQERWAEESLKPLPLKDYDTSYLSYRKVHWDGSFSYKGEQWLLSAEYAGKEILVKERLNGDIRLYFRGEEISHVDQQKKVISFAEKIKKKQTEMA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein
分子量 formula_weight	28817.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

NMKERIHEYCHRLHLPVMAERWSAMAEYASTHNISYSEFLFRLLEAEIVEKQARSIQTLIKLSKLPYRKTIDTFDFTAQPSVDERRIRELLTLSFIDRKENILFLGPPGIGKTHLAISIGMEAIARGYKTYFITAHDLVNQLRRADQEGKLEKKLRVFVKPTVLIIDQMGYLKLDPNSAHYLFQVIARRYEHAPIILTSNKSFGEWGEIVGDSVLATAMLDRLLHHSIIFNLKGESYRLREKRLQEE

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (118-MER) / TIR-transferred strand
分子量 formula_weight	36524.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	a,d

CCTTCTGGGGAATTTTAAACCGGCGATTTTGGGGAAAAAATAATCGGCCTTGACAGCTGCACAGTAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACT

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (58-MER) / TIR non-transferred strand
分子量 formula_weight	17767.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	b,e

TCATGTCAAGGCCGATTATTTTTTCCCCAAAATCGCCGGTTTAAAATTCCCCAGAAGG

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (58-MER) / target-reverse complement
分子量 formula_weight	17836.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	c,f

AGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGT

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.62 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	272218

fit	/app/data/saxs_computation/q4/8q4d/8q4d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q4/8q4d/8q4d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q4/8q4d/8q4d.dat

IstA-IstB(E167Q) Strand Transfer Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)