8q4h

a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex RDH complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 101.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q4h
沉积日期 deposition_date	2023-08-07
结构标题 title	a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex RDH complex
关键词 keywords	RDH menaquinol:organohalide oxidoreductase, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.54 Å
零角强度 I(0) i0	290068000.00
分子量 molecular_weight	138180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173100 Å³
包络体积 envelope_volume	208580 Å³
水化壳体积 shell_volume	52567 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.15 Å
包络 Rg envelope_rg	32.03 Å
形状 Rg shape_rg	31.55 Å
总 Rg total_rg	32.18 Å
总原子数 total_atoms	9684
残基数 n_residues	1184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	290100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	106800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.876

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Tetrachloroethene reductive dehalogenase
分子量 formula_weight	56620.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9698

TSEFPYKVDAKYQRYNSLKNFFEKTFDPEANKTPIKFHYDDVSKITGKKDTGKDLPTLNAERLGIKGRPATHTETSILFHTQHLGAMLTQRHNETGWTGLDEALNAGAWAVEFDYSGFNATGGGPGSVIPLYPINPMTNEIANEPVMVPGLYNWDNIDVESVRQQGQQWKFESKEEASKIVKKATRLLGADLVGIAPYDERWTYSTWGRKIYKPCKMPNGRTKYLPWDLPKMLSGGGVEVFGHAKFEPDWEKYAGFKPKSVIVFVLEEDYEAIRTSPSVISSATVGKSYSNMAEVAYKIAVFLRKLGYYAAPCGNDTGISVPMAVQAGLGEAGRNGLLITQKFGPRHRIAKVYTDLELAPDKPRKFGVREFCRLCKKCADACPAQAISHEKDPKVLQPEDCEVAENPYTEKWHLDSNRCGSFWAYNGSPCSNCVAVCSWNKVETWNHDVARIATQIPLLQDAARKFDEWFGYNGPVNPDERLESGYVQNMVKDFWNNPESIKQ

Entity 2 polymer

描述 description	Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
分子量 formula_weight	10127.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MNIYDVLIWMALGMTALLIQYGIWRYLKGKGKDTIPLQICGFLANFFFIFALAWGYSSFSEREYQAIGMGFIFFGGTALIPAIITYRLA

Entity 3 non-polymer

描述 description	(~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene
分子量 formula_weight	96.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CO-METHYLCOBALAMIN
分子量 formula_weight	1344.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	34078

fit	/app/data/saxs_computation/q4/8q4h/8q4h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q4/8q4h/8q4h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q4/8q4h/8q4h.dat

a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex RDH complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)