SAXSdb — 8q5d

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q5d
沉积日期 deposition_date	2023-08-08
结构标题 title	PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-466
关键词 keywords	Plasmodium falciparum; monoclonal antibody; PfRH5; erythrocyte invasion, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.73 Å
零角强度 I(0) i0	371110000.00
分子量 molecular_weight	158800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	199260 Å³
包络体积 envelope_volume	274330 Å³
水化壳体积 shell_volume	56260 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.01 Å
包络 Rg envelope_rg	42.00 Å
形状 Rg shape_rg	41.69 Å
总 Rg total_rg	42.03 Å
总原子数 total_atoms	11181
残基数 n_residues	1407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.1 Å
Rg (实空间) rg_real	41.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	371200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.715
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.994; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.358

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Reticulocyte-binding protein homolog 5
分子量 formula_weight	40962.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11181

KNVNFLQYHFKELSNYNIANSIDILQEKEGHLDFVIIPHYTFLDYYKHLSYNSIYHKSSTYGKYIAVDAFIKKINEAYDKVKSKCNDIKNDLIATIKKLEHPYDINNKNRAFKKMMDEYNTKKKKLIKCIKNHENDFNKICMDMKNYGTNLFEQLSCYNNNFCNTNGIRYHYDEYIHKLILSVKSKNLNKDLSDMTNILQQSELLLTNLNKKMGSYIYIDTIKFIHKEMKHIFNRIEYHTKIINDKTKIIQDKIKLNIWRTFQKDELLKRILDMSNEYSLFITSDHLRQMLYNTFYSKEKHLNNIFHHLIYVLQMKFNDVPIKMEYFQTYKKNKPLTQ

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain
分子量 formula_weight	23360.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKVSGGTFRSYAINWVRQAPGQGLEWMGRIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARHGYSSGLDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Monoclonal antibody MAD10-466 light chain
分子量 formula_weight	23577.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDIRDSLNWYQHKPGKAPNLLISDASNLETGVPSRFSGSGSGTHFTFTISSLQPEDIATYYCQHYDNLPSYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.464 Å
晶胞边长 b length_b	140.414 Å
晶胞边长 c length_c	83.616 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	67.590 Å
R 因子 r_factor	0.2742
R_work r_work	0.2719
R_free r_free	0.3167

fit	/app/data/saxs_computation/q5/8q5d/8q5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q5/8q5d/8q5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q5/8q5d/8q5d.dat

PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-466

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)