8q5v

MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 198.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q5v
沉积日期 deposition_date	2023-08-09
结构标题 title	MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
关键词 keywords	;nitrogenase, electron donor, ATPase, [4Fe-4S]-cluster, electron transfer, conformational changes, methanogenic archaea, thermophile, oxidoreductase, O2-sensitivity, ADP, N2-fixation, ELECTRON TRANSPORT ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.77 Å
零角强度 I(0) i0	2101980000.00
分子量 molecular_weight	373690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	463100 Å³
包络体积 envelope_volume	655890 Å³
水化壳体积 shell_volume	91907 Å³
包络直径 envelope_diameter	217.4 Å
壳层 Rg shell_rg	55.87 Å
包络 Rg envelope_rg	63.18 Å
形状 Rg shape_rg	64.82 Å
总 Rg total_rg	64.37 Å
总原子数 total_atoms	25957
残基数 n_residues	3324
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.2 Å
Rg (实空间) rg_real	64.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2096000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7984
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.526
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	84090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Nitrogenase iron protein 1
分子量 formula_weight	31271.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,J,K,L,M
原子数 atom_count	25980

MSFDEIAPDAKKVAIYGKGGIGKSTTTQNTAAALAYFFDKKVMIHGCDPKADSTRMILHGKPQDTVMDVLREEGEEAVTLEKVRKIGFKDILCVESGGPEPGVGCAGRGVITAVDMMRELEGYPDDLDNLFFDVLGDVVCGGFAMPLRDGLAQEIYIVTSGEMMALYAANNIAKGILKYAEQSGVRLGGIICNARNVDGEKELMDEFCDKLGTKLIHYVPRDNIVQKAEFNKMTVIEFDPECNQAKEYRTLAKNIDENDELVKPTPMTMDELEELVVKYGLIDL

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.478 Å
晶胞边长 b length_b	87.594 Å
晶胞边长 c length_c	182.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	93.98 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	109.65 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	39.930 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2172
R_free r_free	0.2543

fit	/app/data/saxs_computation/q5/8q5v/8q5v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q5/8q5v/8q5v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q5/8q5v/8q5v.dat