8qaw

Medicago truncatula HISN5 (IGPD) in complex with MN, IMD, EDO, FMT, GOL and TRS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qaw
沉积日期 deposition_date	2023-08-23
最后修订 last_revision	2024-04-10
结构标题 title	Medicago truncatula HISN5 (IGPD) in complex with MN, IMD, EDO, FMT, GOL and TRS
关键词 keywords	HISN5, IGPD, histidine biosynthesis, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.29 Å
零角强度 I(0) i0	451611000.00
分子量 molecular_weight	167060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	206210 Å³
包络体积 envelope_volume	270640 Å³
水化壳体积 shell_volume	55155 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.59 Å
包络 Rg envelope_rg	39.82 Å
形状 Rg shape_rg	40.26 Å
总 Rg total_rg	40.68 Å
总原子数 total_atoms	11724
残基数 n_residues	1479
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.2 Å
Rg (实空间) rg_real	40.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	451600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8951
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.778

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
分子量 formula_weight	22571.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	13098

PTFPIDSGARIGEMKRVTKETNVSVKINLDGTGVADNSSGIPFLDHMLDQLASHGLFDVHVKATGDTHIDDHHTNEDVALAIGTALLQALGDRKGINRFGNFSAPLDEALVHVSLDLSGRPHLGYDLNIPTQRVGKYDTQLVEHFFQSLVNTSGMTLHIRQFSGTNSHHIIEATFKAFARALRQATEYDTRRRGTIPSSKGVLSRS

来源 Source

来源生物 organism	Medicago truncatula
通用名 common_name	barrel medic
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3880
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1335

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.680 Å
晶胞边长 b length_b	137.680 Å
晶胞边长 c length_c	265.907 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	58.060 Å
R 因子 r_factor	0.1290
R_work r_work	0.1288
R_free r_free	0.1614

fit	/app/data/saxs_computation/qa/8qaw/8qaw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qa/8qaw/8qaw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qa/8qaw/8qaw.dat