8qax

Medicago truncatula HISN5 (IGPD) in complex with MN, FMT, GOL and TRS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qax
沉积日期 deposition_date	2023-08-23
最后修订 last_revision	2024-04-10
结构标题 title	Medicago truncatula HISN5 (IGPD) in complex with MN, FMT, GOL and TRS
关键词 keywords	HISN5, IGPD, histidine biosynthesis, lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.25 Å
零角强度 I(0) i0	256935000.00
分子量 molecular_weight	124490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	153630 Å³
包络体积 envelope_volume	194290 Å³
水化壳体积 shell_volume	45364 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.98 Å
包络 Rg envelope_rg	35.21 Å
形状 Rg shape_rg	35.23 Å
总 Rg total_rg	35.71 Å
总原子数 total_atoms	8739
残基数 n_residues	1104
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	256900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8822
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	81470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.720

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
分子量 formula_weight	22571.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	9309

PTFPIDSGARIGEMKRVTKETNVSVKINLDGTGVADNSSGIPFLDHMLDQLASHGLFDVHVKATGDTHIDDHHTNEDVALAIGTALLQALGDRKGINRFGNFSAPLDEALVHVSLDLSGRPHLGYDLNIPTQRVGKYDTQLVEHFFQSLVNTSGMTLHIRQFSGTNSHHIIEATFKAFARALRQATEYDTRRRGTIPSSKGVLSRS

来源 Source

来源生物 organism	Medicago truncatula
通用名 common_name	barrel medic
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3880
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	535

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.587 Å
晶胞边长 b length_b	120.587 Å
晶胞边长 c length_c	182.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	60.290 Å
R 因子 r_factor	0.1718
R_work r_work	0.1717
R_free r_free	0.2002

fit	/app/data/saxs_computation/qa/8qax/8qax.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qa/8qax/8qax.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qa/8qax/8qax.dat