8qbd

;Helical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to membrane composed of lipid mixture +PIP2/+sterol (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 235.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qbd
沉积日期 deposition_date	2023-08-24
结构标题 title	;Helical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to membrane composed of lipid mixture +PIP2/+sterol (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10) ;
关键词 keywords	BAR domain, lipid reconstitution, membrane microdomain, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	86.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	87.49 Å
零角强度 I(0) i0	2797250000.00
分子量 molecular_weight	438320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	545330 Å³
包络体积 envelope_volume	1097400 Å³
水化壳体积 shell_volume	113620 Å³
包络直径 envelope_diameter	289.3 Å
壳层 Rg shell_rg	74.69 Å
包络 Rg envelope_rg	83.51 Å
形状 Rg shape_rg	87.52 Å
总 Rg total_rg	87.21 Å
总原子数 total_atoms	30814
残基数 n_residues	3794
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	235.0 Å
Rg (实空间) rg_real	82.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	82.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2765000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9080
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.777
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0460
最高正则化参数 α highest_alpha	70500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.991; Stabil: 0.979; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
分子量 formula_weight	38393.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,I,D,J,E,K,F,L,G,M,H,N
原子数 atom_count	30814

MHRTYSLRNSRAPTASQLQNPPPPPSTTKGRFFGKGGLAYSFRRSAAGAFGPELSRKLSQLVKIEKNVLRSMELTANERRDAAKQLSIWGLENDDDVSDITDKLGVLIYEVSELDDQFIDRYDQYRLTLKSIRDIEGSVQPSRDRKDKITDKIAYLKYKDPQSPKIEVLEQELVRAEAESLVAEAQLSNITRSKLRAAFNYQFDSIIEHSEKIALIAGYGKALLELLDDSPVTPGETRPAYDGYEASKQIIIDAESALNEWTLDSAQVKPTLSFKQDYEDFEPEEGEEEEEEDGQGRWSEDEQEDGQIEEPEQEEEGAVEEHEQVGHQQSESLPQQTTA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	420.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 3 non-polymer

描述 description	O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	792.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	77414

fit	/app/data/saxs_computation/qb/8qbd/8qbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qb/8qbd/8qbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qb/8qbd/8qbd.dat