SAXSdb — 8qbk

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qbk
沉积日期 deposition_date	2023-08-24
结构标题 title	Retron-Eco1 filament with ADP-ribosylated Effector (local map with 1 segment)
关键词 keywords	retron, N-glycosidase, DNA-RNA-Protein complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.73 Å
零角强度 I(0) i0	3827990000.00
分子量 molecular_weight	399800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	449630 Å³
包络体积 envelope_volume	753840 Å³
水化壳体积 shell_volume	97305 Å³
包络直径 envelope_diameter	240.7 Å
壳层 Rg shell_rg	59.79 Å
包络 Rg envelope_rg	67.87 Å
形状 Rg shape_rg	68.63 Å
总 Rg total_rg	68.82 Å
总原子数 total_atoms	27432
残基数 n_residues	2654
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.4 Å
Rg (实空间) rg_real	69.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3813000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8082
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.502
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.595
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0071
最高正则化参数 α highest_alpha	237500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.014

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Retron Ec86 putative ribosyltransferase/DNA-binding protein
分子量 formula_weight	35538.2 kDa
突变 mutation	ADP-ribosylated E106
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,T,E
原子数 atom_count	27472

MNKKFTDEQQQQLIGHLTKKGFYRGANIKITIFLCGGDVANHQSWRHQLSQFLAKFSDVDIFYPEDLFDDLLAGQGQHSLLSLENILAEAVDVIILFPESPGSFTELGAFSNNENLRRKLICIQDAKFKSKRSFINYGPVRLLRKFNSKSVLRCSSNELKEMCDSSIDVARKLRLYKKLMASIKKVRKENKVSKDIGNILYAERFLLPCIYLLDSVNYRTLCELAFKAIKQDDVLSKIIVRSVVSRLINERKILQMTDGYQVTALGASYVRSVFDRKTLDRLRLEIMNFENRRKSTFNYDKIPYAHP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Retron Ec86 reverse transcriptase
分子量 formula_weight	39984.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,K,P,U

MKSAEYLNTFRLRNLGLPVMNNLHDMSKATRISVETLRLLIYTADFRYRIYTVEKKGPEKRMRTIYQPSRELKALQGWVLRNILDKLSSSPFSIGFEKHQSILNNATPHIGANFILNIDLEDFFPSLTANKVFGVFHSLGYNRLISSVLTKICCYKNLLPQGAPSSPKLANLICSKLDYRIQGYAGSRGLIYTRYADDLTLSAQSMKKVVKARDFLFSIIPSEGLVINSKKTCISGPRSQRKVTGLVISQEKVGIGREKYKEIRAKIHHIFCGKSSEIEHVRGWLSFILSVDSKSHRRLITYISKLEKKYGKNPLNKAKTGSEFELENLYFQGELRRQASALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Retron-Eco1 msDNA
分子量 formula_weight	26320.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,L,Q,V

GTCAGAAAAAACGGGTTTCCTGGTTGGCTCGGAGAGCATCAGGCGATGCTCTCCGTTCCAACAAGGAAAACAGACAGTAACTCAG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Retron-Eco1-msr
分子量 formula_weight	26199.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,M,R,W

AUGCGCACCCUUAGCGAGAGGUUUAUCAUUAAGGUCAACCUCUGGAUGUUGUUUCGGCAUCCUGCAUUGAAUCUGAGUUACU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Retron-Eco1-A2
分子量 formula_weight	4541.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,N,S,X

CGUAAGGGUGCGCA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	340412

fit	/app/data/saxs_computation/qb/8qbk/8qbk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qb/8qbk/8qbk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qb/8qbk/8qbk.dat

Retron-Eco1 filament with ADP-ribosylated Effector (local map with 1 segment)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)