8qc1

Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs (ND4 & ND5 focus refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 105.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qc1
沉积日期 deposition_date	2023-08-25
结构标题 title	Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs (ND4 & ND5 focus refinement)
关键词 keywords	Respiratory complex I, NADH:ubiquinone oxidoreductase, Nanodiscs, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.90 Å
零角强度 I(0) i0	210890000.00
分子量 molecular_weight	132210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171630 Å³
包络体积 envelope_volume	193200 Å³
水化壳体积 shell_volume	49098 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.98 Å
包络 Rg envelope_rg	32.24 Å
形状 Rg shape_rg	31.88 Å
总 Rg total_rg	32.65 Å
总原子数 total_atoms	9316
残基数 n_residues	1118
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	210900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.833

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase subunit M
分子量 formula_weight	56519.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M
原子数 atom_count	9431

MTNLLSIITFLPIVAAIIMALFLRGQDEAAARNAKWLALLTTTATFVISLFVLFRFDPANTGFQFVEDHAWIMGLRYKMGVDGISVLFVLLTTFMMPLTILSTWQVQDKVKEYMIAFLVLEGLMIGVFTALDLVLFYLFFEAGLIPMFLIIGIWGGKDRIYASFKFFLYTFLGSVLMLVAMIAMYRMAGTTDIPTLLTFDFPSENFRLLGMTVVGGMQMLLFLAFFASFAVKMPMWPVHTWLPDAHVQAPTAGSVLLAAVLLKMGGYGFLRFSLPMFPVASGVAQPYVFWLSAIAIVYTSLVALAQSDMKKVIAYSSVAHMGYVTMGVFAANQIGVDGAIFQMLSHGFISGALFLCVGVIYDRMHTREIDAYGGLVNRMPAYAAVFMFFTMANVGLPGTSGFVGEFLTLMGVFRVDTWVALVATSGVILSAAYALWLYRRVTLGQLIKESLKSITDMTPRERWVFIPLIAMTLILGVYPRLVTDVTGPAVAALVQDYNQSQPAAPVATAQASH

Entity 2 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase subunit L
分子量 formula_weight	77811.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MEKFVLFAPLIASLIAGLGWRAIGEKAAQYLTTGVLFLSCLISWYLFLSFDGVPRHIPVLDWVVTGDFHAEWAIRLDRLTAIMLIVVTTVSALVHMYSLGYMAHDDNWTHDEHYKARFFAYLSFFTFAMLMLVTADNLLQMFFGWEGVGVASYLLIGFYYKKASANAAAMKAFIVNRVGDFGFLLGIFGIYWLTGSVQFDEIFRQVPQLAQTEMHFLWRDWNAANLLGFLLFVGAMGKSAQLLLHTWLPDAMEGPTPVSALIHAATMVTAGVFLVCRMSPLYEFAPDAKNFIVIIGATTAFFAATVGLVQNDIKRVIAYSTCSQLGYMFVAAGVGVYSAAMFHLLTHAFFKAMLFLGAGSVIHAMHHEQDMRNYGGLRKKIPLTFWAMMIGTFAITGVGIPLTHLGFAGFLSKDAIIESAYAGSGYAFWLLVIAACFTSFYSWRLIFLTFYGKPRGDHHAHDHAHESPPVMTIPLGVLAIGAVFAGMVWYGPFFGDHHKVTEYFHIAGAHHEAAEGEEAEHATAEAPVEHAVADTATAEGEAAAEAEHAEIAAPVGGAIYMHPDNHIMDEAHHAPAWVKVSPFVAMVLGLITAWTFYIANPSLPRRLAAQQPALYRFLLNKWYFDEIYEFIFVRPAKWLGRVLWKGGDGAVIDGTINGVAMGLIPRLTRAAVRVQSGYLFHYAFAMVLGIVGLLIWVMMRGAH

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	792.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	115

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	146603

fit	/app/data/saxs_computation/qc/8qc1/8qc1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qc/8qc1/8qc1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qc/8qc1/8qc1.dat

Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs (ND4 & ND5 focus refinement)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)