8qc8

Crystal structure of NAD-dependent glycoside hydrolase from Flavobacterium sp. (strain K172) in complex with co-factor NAD+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qc8
沉积日期 deposition_date	2023-08-25
结构标题 title	Crystal structure of NAD-dependent glycoside hydrolase from Flavobacterium sp. (strain K172) in complex with co-factor NAD+
关键词 keywords	oxidoreductive, sulfoquinovose, glycoside hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.74 Å
零角强度 I(0) i0	381894000.00
分子量 molecular_weight	156810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194560 Å³
包络体积 envelope_volume	250130 Å³
水化壳体积 shell_volume	50096 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.45 Å
包络 Rg envelope_rg	45.84 Å
形状 Rg shape_rg	45.75 Å
总 Rg total_rg	45.64 Å
总原子数 total_atoms	11029
残基数 n_residues	1434
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	381600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7193
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.665
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.148
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	104300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.514; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.348; Smooth: 0.457

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase
分子量 formula_weight	42881.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,A
原子数 atom_count	11279

MGSSHHHHHHSSGMSLPSGETAQTIRYGLIGAGHMAREHVRNLALIPGSLITAVADPTPSSLEETAREIGYDVQTFSAHKDLLASGLVDALVIASPNDTHLEILKDIFASGTNLPVLVEKPVCTSAEQADELEELAATYTAPVWVAMEYRYMPPVQEIIQAAHSGKLGNIHMLSIVEHRFPFLHKVDAWNRFAERTGGTLVEKCCHFFDLMRLILQDEPTRIYASGGHDVNHMDEVYDGLISDMVDNAYVIVDFKGGRRAMLELSMFAEGSKFQERISIVGDAAKIETLIPVAANHWIEGDETEATVEFSPRSPLGPEKHEVPVDEAVLAAGAHHGSTYYEHLGYRKAILGEGPVDVTVADGLQSVRMGLAAEQSIIEGRAVELHAPSVAVQK

来源 Source

来源生物 organism	Paenarthrobacter ureafaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.775 Å
晶胞边长 b length_b	161.490 Å
晶胞边长 c length_c	175.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	59.450 Å
R 因子 r_factor	0.2311
R_work r_work	0.2285
R_free r_free	0.2784

fit	/app/data/saxs_computation/qc/8qc8/8qc8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qc/8qc8/8qc8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qc/8qc8/8qc8.dat

Crystal structure of NAD-dependent glycoside hydrolase from Flavobacterium sp. (strain K172) in complex with co-factor NAD+

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction