8qd3

Ayg1p in complex with 1,3,6,8-Tetrahydroxynaphthalene

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qd3
沉积日期 deposition_date	2023-08-28
结构标题 title	Ayg1p in complex with 1,3,6,8-Tetrahydroxynaphthalene
关键词 keywords	;Natural Product Biosynthesis, Polyketide Synthase System, alpha, beta-Hydrolase Fold, Polyketide Shortening, Retro Claisen Reaction, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.72 Å
零角强度 I(0) i0	452622000.00
分子量 molecular_weight	176110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221030 Å³
包络体积 envelope_volume	275140 Å³
水化壳体积 shell_volume	59175 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.43 Å
包络 Rg envelope_rg	38.25 Å
形状 Rg shape_rg	38.71 Å
总 Rg total_rg	39.06 Å
总原子数 total_atoms	12470
残基数 n_residues	1592
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.5 Å
Rg (实空间) rg_real	39.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	452600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6427
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.269
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	165700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.824

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Pigment biosynthesis protein yellowish-green 1
分子量 formula_weight	47440.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13718

MRGSHHHHHHENLYFQGSPRWILGDKFDTVFPHKGSLKVLWESRWKFACSKSVYPFHDGSIEDFEPIFNHLISKNINDAASDEYTQAFLPTASALEEKAAQALQAGKHEEASNLLCRAAVVYRISRFPYVDITKPNSIKRVAFERQKQAYLKATSLWTQPIREVTVPHTYRTGNDGAHIPIYIRTPAGADQSNPVPIVLIMTGLDGYRPDNSQRTHEILARGWAAVVAEIPGTADCPADPADPASPDRLWDSVLSYLDQRPELNTAKMVVWGLSAGGYYAIRAAHTHRDRLLGAIAHGPGCHYYLDPEWLAKVNDHEYPFEITAAWATKHGYKTVEEFVAGAQKKFSLVETGIVDQPSCRLLLLNGVDDGVVPIEDCLVLFEHGSPKEGRFYKGLPHMGYPNSLPVSYEWLEQVLASPSKTKN

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus fumigatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	746128
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	naphthalene-1,3,6,8-tetrol
分子量 formula_weight	192.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIOLIN
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1027

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.480 Å
晶胞边长 b length_b	107.440 Å
晶胞边长 c length_c	92.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	46.480 Å
R 因子 r_factor	0.1975
R_work r_work	0.1963
R_free r_free	0.2212

fit	/app/data/saxs_computation/qd/8qd3/8qd3.fit
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