8qfr

Ergothioneine dioxygenase from Thermocatellispora tengchongensis in complex with nickel and substrate (anaerobic)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qfr
沉积日期 deposition_date	2023-09-04
最后修订 last_revision	2024-09-11
结构标题 title	Ergothioneine dioxygenase from Thermocatellispora tengchongensis in complex with nickel and substrate (anaerobic)
关键词 keywords	thiol dioxygenase Ergothioneine Dioxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.15 Å
零角强度 I(0) i0	21569200.00
分子量 molecular_weight	33433.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40946 Å³
包络体积 envelope_volume	49021 Å³
水化壳体积 shell_volume	19341 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.04 Å
包络 Rg envelope_rg	22.42 Å
形状 Rg shape_rg	22.12 Å
总 Rg total_rg	22.96 Å
总原子数 total_atoms	2398
残基数 n_residues	289
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8774
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.416
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6827000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine dioxygenase
分子量 formula_weight	20381.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2549

MGHHHHHHAENLYFQGELDLPERNLDRRELRDLVNELAAHPERWAEHVMFPEEGGRHYASLHRDAYVDVWLLCWRAEDDTGWHDHDISSGAVRVVAGALKECNPRIGGEHLETVVSEGESFSFGPDHIHRLTGAVHGSVSIHAYSPPLWRLGQYSIDDSGVMRRVSVSYADELRPVEVA

来源 Source

来源生物 organism	Thermocatellispora tengchongensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1073253
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	trimethyl-[(2S)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-3-(2-sulfanylidene-1,3-dihydroimidazol-4-yl)propan-2-yl]azanium
分子量 formula_weight	230.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.633 Å
晶胞边长 b length_b	59.088 Å
晶胞边长 c length_c	134.446 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.360 Å
R 因子 r_factor	0.1814
R_work r_work	0.1793
R_free r_free	0.2204

fit	/app/data/saxs_computation/qf/8qfr/8qfr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/8qfr/8qfr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/8qfr/8qfr.dat