SAXSdb — 8qfy

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qfy
沉积日期 deposition_date	2023-09-05
结构标题 title	Crystal structure of high affinity TCR in complex with pHLA harbouring bacterial peptide
关键词 keywords	T-cell receptor, HLA-E, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.80 Å
零角强度 I(0) i0	526132000.00
分子量 molecular_weight	182080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	224830 Å³
包络体积 envelope_volume	325950 Å³
水化壳体积 shell_volume	61835 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.7 Å
壳层 Rg shell_rg	48.25 Å
包络 Rg envelope_rg	44.13 Å
形状 Rg shape_rg	44.78 Å
总 Rg total_rg	45.00 Å
总原子数 total_atoms	12845
残基数 n_residues	1591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.2 Å
Rg (实空间) rg_real	45.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	526200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8652
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.677
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	46520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.986; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.292

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
分子量 formula_weight	31824.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,FFF
原子数 atom_count	13151

GSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB,GGG

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Peptide from inhA
分子量 formula_weight	980.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC,HHH

RLPAKAPLL

Entity 4 polymer

描述 description	T-cell receptor alpha chain
分子量 formula_weight	22079.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	DDD,III

MAKEVEQNSGPLSVPEGAIASLNCTYSDRRSRSFFWYRQYSGKSPELIMSIYSNGDKEDGRFTAQLNKASQYVSLLIRDSQPSDSATYLCAVMDREYEISFGSGTRLLVRPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	T-cell receptor beta chain
分子量 formula_weight	27693.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	EEE,JJJ

MDTGVSQNPRHKITKRGQNVTFRCDPISDHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQSEAQLEKSRLLSDRFSAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSLGPNEQLFGPGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQDPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	281

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	326.828 Å
晶胞边长 b length_b	79.879 Å
晶胞边长 c length_c	104.073 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	82.900 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2425
R_free r_free	0.2886

fit	/app/data/saxs_computation/qf/8qfy/8qfy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/8qfy/8qfy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/8qfy/8qfy.dat

Crystal structure of high affinity TCR in complex with pHLA harbouring bacterial peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)