8qh9

X-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 in complex with a S-29b

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qh9
沉积日期 deposition_date	2023-09-07
最后修订 last_revision	2024-08-07
结构标题 title	X-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 in complex with a S-29b
关键词 keywords	protein deacetylase, histone deacetylase 6, zinc binding group, Inhibitor, Danio rerio, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.90 Å
零角强度 I(0) i0	28402700.00
分子量 molecular_weight	40180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49824 Å³
包络体积 envelope_volume	54228 Å³
水化壳体积 shell_volume	23017 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.39 Å
包络 Rg envelope_rg	19.28 Å
形状 Rg shape_rg	18.88 Å
总 Rg total_rg	19.85 Å
总原子数 total_atoms	2817
残基数 n_residues	353
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.2 Å
Rg (实空间) rg_real	19.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7468
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.404
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7503000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 6
分子量 formula_weight	39899.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3257

SSPITGLVYDQRMMLHHNMWDSHHPELPQRISRIFSRHEELRLLSRCHRIPARLATEEELALCHSSKHISIIKSSEHMKPRDLNRLGDEYNSIFISNESYTCALLAAGSCFNSAQAILTGQVRNAVAIVRPPGHHAEKDTACGFCFFNTAALTARYAQSITRESLRVLIVDWDVHHGNGTQHIFEEDDSVLYISLHRYEDGAFFPNSEDANYDKVGLGKGRGYNVNIPWNGGKMGDPEYMAAFHHLVMPIAREFAPELVLVSAGFDAARGDPLGGFQVTPEGYAHLTHQLMSLAAGRVLIILEGGYNLTSISESMSMCTSMLLGDSPPSLDHLTPLKTSATVSINNVLRAHAPFWSSLR

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	Marbostat 200
分子量 formula_weight	547.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.390 Å
晶胞边长 b length_b	94.260 Å
晶胞边长 c length_c	51.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.590 Å
最低分辨率 resolution_low	47.130 Å
R 因子 r_factor	0.1983
R_work r_work	0.1973
R_free r_free	0.2263

fit	/app/data/saxs_computation/qh/8qh9/8qh9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qh/8qh9/8qh9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qh/8qh9/8qh9.dat