8qln

Crystal structure of an N-terminal fragment of HCMV UL47

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qln
沉积日期 deposition_date	2023-09-20
最后修订 last_revision	2024-10-02
结构标题 title	Crystal structure of an N-terminal fragment of HCMV UL47
关键词 keywords	HCMV, tegument protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.26 Å
零角强度 I(0) i0	54955700.00
分子量 molecular_weight	55523.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68047 Å³
包络体积 envelope_volume	85779 Å³
水化壳体积 shell_volume	26872 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.73 Å
包络 Rg envelope_rg	27.94 Å
形状 Rg shape_rg	27.98 Å
总 Rg total_rg	29.63 Å
总原子数 total_atoms	3837
残基数 n_residues	466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8585
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.472
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3782000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.835; Smooth: 0.950

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Inner tegument protein
分子量 formula_weight	62187.8 kDa
突变 mutation	E161S, R162S, R163G, K165S, K166S, Q280S, K281S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3870

MSYYHHHHHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSTVDFKKLIEQLRARATDKAEALNTVSQLEIGAVDAQDVTASAVRAFVGALPSSGYHFGFVRQNVVFYLLSHATVQTARDPLYAAEQLHEQLDRFLRHQHDGGGDEDRLPFYHNGATLTAFQKLLQTLREIQTVIAEQSGGTAAAADLIASNNASTSSGGSSGGSSSGGQQPLVRRVITQLETAATEARPYVNCRAVAELLDLTYQRLIYWACTLMPYVLFRRDTDTELDTVLLMHFFYTHYRSVNGDLAVEFQNYVKNSVRHMSSFVSSDIDGDSSPGAEHMRDVSYKLFVGNLQARDASGLMFPIISTRISTVNLYLSPERMFFHPGLISRLLSEEVSPRANLDAYARVCDRVLEDHLHTPRRVQRLLDLTQMVMRLVELGFNHDTCAAYAQMALIQPASQKSSLFVSEIREKLIQIIYNFYTFFMCLYVYSPTFLFDHRRRLILEQHRSTLIGSKEELQHVWSNVTLNVNTHFAVQYTEEDFEAHTKGATEAEREYLYRDLHSKWGVHLFTL

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 5 strain AD169
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10360
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	6-tungstotellurate(VI)
分子量 formula_weight	1614.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.960 Å
晶胞边长 b length_b	64.960 Å
晶胞边长 c length_c	265.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	46.440 Å
R 因子 r_factor	0.2164
R_work r_work	0.2145
R_free r_free	0.2511

fit	/app/data/saxs_computation/ql/8qln/8qln.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ql/8qln/8qln.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ql/8qln/8qln.dat

Crystal structure of an N-terminal fragment of HCMV UL47

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction