8qm0

Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AmiA in complex with Peptide 5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 158.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qm0
沉积日期 deposition_date	2023-09-20
结构标题 title	Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AmiA in complex with Peptide 5
关键词 keywords	Permease, Pneumococcus, AmiA, peptide; substrate-binding protein, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.08 Å
零角强度 I(0) i0	1136180000.00
分子量 molecular_weight	281810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	352480 Å³
包络体积 envelope_volume	452470 Å³
水化壳体积 shell_volume	78181 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.7 Å
壳层 Rg shell_rg	52.80 Å
包络 Rg envelope_rg	46.42 Å
形状 Rg shape_rg	47.08 Å
总 Rg total_rg	47.28 Å
总原子数 total_atoms	19940
残基数 n_residues	2548
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.2 Å
Rg (实空间) rg_real	47.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1136000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8842
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	276700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.824

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Oligopeptide-binding protein AmiA
分子量 formula_weight	70394.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22223

ASSSSKSSDSSAPKAYGYVYTADPETLDYLISSKNSTTVVTSNGIDGLFTNDNYGNLAPAVAEDWEVSKDGLTYTYKIRKGVKWFTSDGEEYAEVTAKDFVNGLKHAADKKSEAMYLAENSVKGLADYLSGTSTDFSTVGVKAVDDYTLQYTLNQPEPFWNSKLTYSIFWPLNEEFETSKGSDFAKPTDPTSLLYNGPFLLKGLTAKSSVEFVKNEQYWDKENVHLDTINLAYYDGSDQESLERNFTSGAYSYARLYPTSSNYSKVAEEYKDNIYYTQSGSGIAGLGVNIDRQSYNYTSKTTDSEKVATKKALLNKDFRQALNFALDRSAYSAQINGKDGAALAVRNLFVKPDFVSAGEKTFGDLVAAQLPAYGDEWKGVNLADGQDGLFNADKAKAEFAKAKKALEADGVQFPIHLDVPVDQASKNYISRIQSFKQSVETVLGVENVVVDIQQMTSDEFLNITYYAANASSEDWDVSGGVSWGPDYQDPSTYLDILKTTSSETTKTYLGFDNPNSPSVVQVGLKEYDKLVDEAARETSDLNVRYEKYAAAQAWLTDSSLFIPAMASSGAAPVLSRIVPFTGASAQTGSKGSDVYFKYLKSQDKVVTKEEYEKAREKWLKEKAESNEKAQKELASHVK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG
分子量 formula_weight	1162.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

AKTIKITQTR

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2068

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.651 Å
晶胞边长 b length_b	206.756 Å
晶胞边长 c length_c	96.795 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	49.173 Å
R 因子 r_factor	0.1586
R_work r_work	0.1565
R_free r_free	0.1983

fit	/app/data/saxs_computation/qm/8qm0/8qm0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/8qm0/8qm0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/8qm0/8qm0.dat

Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AmiA in complex with Peptide 5

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)