8qme

Structural characterization of beta-xyloxidase XynB2 from Geobacillus stearothermophilus CECT43

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 198.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qme
沉积日期 deposition_date	2023-09-22
最后修订 last_revision	2024-03-27
结构标题 title	Structural characterization of beta-xyloxidase XynB2 from Geobacillus stearothermophilus CECT43
关键词 keywords	BETA-XYLOSIDASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.47 Å
零角强度 I(0) i0	1389680000.00
分子量 molecular_weight	311630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	388600 Å³
包络体积 envelope_volume	503990 Å³
水化壳体积 shell_volume	72931 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.1 Å
壳层 Rg shell_rg	55.75 Å
包络 Rg envelope_rg	60.94 Å
形状 Rg shape_rg	61.47 Å
总 Rg total_rg	61.35 Å
总原子数 total_atoms	21966
残基数 n_residues	2728
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.4 Å
Rg (实空间) rg_real	61.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1386000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7667
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.701; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.842; Smooth: 0.018

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-xylosidase
分子量 formula_weight	80747.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	23817

MPTNLFFNAHHSPVGAFASFTLGFPGKSGGLDLELARPPRQNVFIGVESPHEPGLYHILPFAETAGEDESKRCDIENPDPNPQKPNILIPFAKEEIKREFCVATDTWKAGDLTFTIYSPVKAVPDPETAAEEELKLALVPAVIVEMTIDNTNGTRTRRAFFGFEGTDPYTSMRRIDDTCPQLRGVGQGRILGIASKDEGVRSALHFSMEDILTATLEENWTFGLGKVGALIADVPAGEKKTYQFAVCFYRGGCVTAGMDASYFYTRFFHNIEEVGLYALEQAEVLKEQAFRSNELIEKEWLSDDQKFMMAHAIRSYYGNTQLLEHEGKPIWVVNEGEYRMMNTFDLTVDQLFFELKMNPWTVKNVLDFYVERYSYEDRVRFPGDETEYPGGISFTHDMGVANTFSRPHYSSYELYGISGCFSHMTHEQLVNWVLCAAVYIEQTKDWAWRDRRLTILEQCLESMVRRDHPDPEKRNGVMGLDSTRTMGGAEITTYDSLDVSLGQARNNLYLTGKCWAAYVALEKLFRDVGKEELAALAREQAEKCAATIVSHVTEDGYIPAVMGEGNDSKIIPAIEGLVFPYFTNCHEALREDGRFGDYIRALRQHLQYVLREGICLFPDGGWKISSTSNNSWLSKIYLCQFIARRILGWEWDEQGKRADAAHVAWLTHPTLSIWSWSDQIIAGEISGSKYYPRGVTSILWLEEGEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1487

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.121 Å
晶胞边长 b length_b	97.514 Å
晶胞边长 c length_c	107.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	107.45 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	81.670 Å
R 因子 r_factor	0.1795
R_work r_work	0.1777
R_free r_free	0.2128

fit	/app/data/saxs_computation/qm/8qme/8qme.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/8qme/8qme.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/8qme/8qme.dat

Structural characterization of beta-xyloxidase XynB2 from Geobacillus stearothermophilus CECT43

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction