8qmw

;Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction and rational engineering in L8S8 complex with substitutions R269W, E271R, L273N ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qmw
沉积日期 deposition_date	2023-09-25
结构标题 title	;Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction and rational engineering in L8S8 complex with substitutions R269W, E271R, L273N ;
关键词 keywords	RubisCO, CABP, ancestral, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.98 Å
零角强度 I(0) i0	941680000.00
分子量 molecular_weight	250900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	312380 Å³
包络体积 envelope_volume	368000 Å³
水化壳体积 shell_volume	72739 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.7 Å
壳层 Rg shell_rg	48.42 Å
包络 Rg envelope_rg	40.29 Å
形状 Rg shape_rg	39.99 Å
总 Rg total_rg	40.31 Å
总原子数 total_atoms	17702
残基数 n_residues	2202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.8 Å
Rg (实空间) rg_real	40.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	941800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8977
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	401000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	RubisCO large subunit
分子量 formula_weight	51155.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19717

MARAQYEAGVRPYRETYYDPDYEPKDTDLLCAFRITPKPGVPMEEAAAAVAAESSTGTWTEVWSNLLTDLERYKARCYRIEGDVAYIAYPLDLFEEGSIVNIMSSIVGNVFGFKAVQALRLEDMRIPVAYLKTFPGPPTGIQVERDRLNKYGRPLLGGTIKPKLGLSAKEYARVVYECLRGGLDTTKDDENLNSQPFNRWRDRFLYVMEAVRKAEAETGERKGHWLNVTAGSTEEMLKRAEFAAELGSRYIMVDFLTAGFAAFASVRRWARENGLMLHCHRAMHAVFDRQPNHGIHFRVLAKWLRMVGGDHVHTGTVVGKLEGDRAETLGIADLLREDYVPADPGRGLFFDQDWAGLKPVFPVASGGIHVWHVPDLVSIFGDDAFFLFGGGTHGHPRGSRAGATANRVAVEAVVQARNEGRDILAEGREILEEAARSCPELREAMELWGDVKFEVEA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RubisCO small subunit
分子量 formula_weight	12479.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MHTETFSYLPPLTDEEIKKQVEYILKNGWIPGIEYTDEPGPHNSYWSFWKLPFFNAETAEEVMEELEACREANPDCYIKITGYDNIRQGQVLSFVAYRPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	356.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2015

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	206.010 Å
晶胞边长 b length_b	106.440 Å
晶胞边长 c length_c	108.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	24.880 Å
R 因子 r_factor	0.1451
R_work r_work	0.1448
R_free r_free	0.1745

fit	/app/data/saxs_computation/qm/8qmw/8qmw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/8qmw/8qmw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/8qmw/8qmw.dat

;Non-obligately L8S8-complex forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction and rational engineering in L8S8 complex with substitutions R269W, E271R, L273N ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)