SAXSdb — 8qot

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qot
沉积日期 deposition_date	2023-09-29
结构标题 title	Structure of the mu opioid receptor bound to the antagonist nanobody NbE
关键词 keywords	opioid receptor, nanobody, antagonist, NabFab, MOR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.29 Å
零角强度 I(0) i0	165744000.00
分子量 molecular_weight	106300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133640 Å³
包络体积 envelope_volume	197550 Å³
水化壳体积 shell_volume	41174 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.14 Å
包络 Rg envelope_rg	44.00 Å
形状 Rg shape_rg	44.20 Å
总 Rg total_rg	44.56 Å
总原子数 total_atoms	7482
残基数 n_residues	945
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	165600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7668
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.561
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.741; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.597; Smooth: 0.144

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Mu-type opioid receptor
分子量 formula_weight	53994.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7493

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAMGPGNISDCSDPLAPASCSPAPGSWLNLSHVDGNQSDPCGPNRTGLGENLYFQGSHSLCPQTGSPSMVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRMLSGSKEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCIPTSSTILEVLFQGPEQQNSARIRQNTREHPSTANTVDRTNHQLENLEAETAPLPSSLAEENLYFQSWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKGAHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody E (NbE)
分子量 formula_weight	18458.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VKKLLFAIPLVVPFYAAQPAMAQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGSISSISTMGWYRQAPGKERELVAAITSGGSTNYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNFKYYSGSYFYKSEYDYWGKGTPVTVSSAAAHHHHHHGAAEQKLISEEDLNGAA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	NabFab HC
分子量 formula_weight	28220.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAEISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSYYSIHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSSYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGYQYWQYHASWYWNGGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	NabFab LC
分子量 formula_weight	25794.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYASDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Anti-Fab Nanobody
分子量 formula_weight	17414.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MKYLLPTAAAGLLLLAAQPAMAMHHHHHHGENLYFQGSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	445766

fit	/app/data/saxs_computation/qo/8qot/8qot.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qo/8qot/8qot.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qo/8qot/8qot.dat

Structure of the mu opioid receptor bound to the antagonist nanobody NbE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)