8qp6

;Crystal structure of Hepatitis C Virus E1 glycoprotein epitope 314-324 scaffold design 1W4K_08 in complex with neutralizing antibody F(ab) fragment IGH526 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qp6
沉积日期 deposition_date	2023-09-30
结构标题 title	;Crystal structure of Hepatitis C Virus E1 glycoprotein epitope 314-324 scaffold design 1W4K_08 in complex with neutralizing antibody F(ab) fragment IGH526 ;
关键词 keywords	Scaffold protein, HCV Immunogen, STRUCTURAL PROTEIN, Complex; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.73 Å
零角强度 I(0) i0	529835000.00
分子量 molecular_weight	187100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	233130 Å³
包络体积 envelope_volume	339350 Å³
水化壳体积 shell_volume	64772 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.2 Å
壳层 Rg shell_rg	47.53 Å
包络 Rg envelope_rg	44.79 Å
形状 Rg shape_rg	45.72 Å
总 Rg total_rg	45.83 Å
总原子数 total_atoms	13204
残基数 n_residues	1822
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.9 Å
Rg (实空间) rg_real	45.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	529700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8377
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.527
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.058
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.506

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	1W4K_08
分子量 formula_weight	6400.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,D,J
原子数 atom_count	13211

MGSREVATPHRAAWLAMMLGIDASKVKGTGPGGVITVEDVKRWAEETAKATAGSENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Pyrobaculum aerophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	F(ab) IGH526
分子量 formula_weight	51216.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,H,I,F,K,L

EVQLLEQSGAEVKRPGASVKVSCKASGYTFTSYAIHWVRQAPGQRLEWMGWINPGNGNAKYSQRFQGRVIISRDTSATTSYMELSSLTSEDTAVYSCARDRGFDLLTGHYLGLDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCGSLEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKEIELTLTQPASASATPGQRVTISCSGSSSNIGGNTVNWYQHLPGAAPKLLIHNNDLRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAVSGLQSEDEADYFCAAWDDGLNGWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.320 Å
晶胞边长 b length_b	121.760 Å
晶胞边长 c length_c	234.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	48.630 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2319
R_free r_free	0.2731

fit	/app/data/saxs_computation/qp/8qp6/8qp6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qp/8qp6/8qp6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qp/8qp6/8qp6.dat

;Crystal structure of Hepatitis C Virus E1 glycoprotein epitope 314-324 scaffold design 1W4K_08 in complex with neutralizing antibody F(ab) fragment IGH526 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)