8qpq

C1 turret to capsid interface of full Haloferax tailed virus 1 adjacent to the portal-capsid interface.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 173.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qpq
沉积日期 deposition_date	2023-10-02
结构标题 title	C1 turret to capsid interface of full Haloferax tailed virus 1 adjacent to the portal-capsid interface.
关键词 keywords	Archaeal virus, turret, turret capsid interface, Mg ions, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.36 Å
零角强度 I(0) i0	2680410000.00
分子量 molecular_weight	402020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	489230 Å³
包络体积 envelope_volume	670330 Å³
水化壳体积 shell_volume	102190 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.07 Å
包络 Rg envelope_rg	54.48 Å
形状 Rg shape_rg	54.35 Å
总 Rg total_rg	54.45 Å
总原子数 total_atoms	28263
残基数 n_residues	3677
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.0 Å
Rg (实空间) rg_real	54.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6800e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2681000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8313
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.710
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	248500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Prokaryotic polysaccharide deacetylase
分子量 formula_weight	45242.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	TC,TA,TB
原子数 atom_count	28263

MTGLNPDGLGRTAAFSNTSAESVSAVDATIDRLYAQDRIEIPTDSRQLFSTRGTVLRNFEDLSGWTANIGSLSAETSDVYVGSQSARLTASSSAVDIRYSFGTAQDFTGKGFSMALKRIDVSGSSDSTPIKIRLVDGNTNYRTFSARCRPGGGDEWGRRDFGFESEDTGFDVTNVQTMTVTTNSRSSIDILVDDIRVVDSSGTGQVIVTIDDVHTGDKTAAEVFGRYGIPIGLAANAKFLDQSSSKLTTQEFKDLLAKPHVYAVNHGYNHYDYGSYSIDEIEDDVIRGKYELQDLGVREPNINHYVYPSGNYAQESIDMLSNYHVMSWGTGAESFDALTPNQLTSPWHNLRCSFDSGTAEAEQAVNDAATYNQTAHIYFHSDNVTQSEMESVAQTINSADVTPITLMDFYNQQ

Entity 2 polymer

描述 description	gp30
分子量 formula_weight	12005.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	TD,TE,TF,TG,TH,TI

MTDTIVNVQGSFFSASASGVADTESLLIDPQDAKFGAIEIHNIAHGGSVDVELLTSSDDTELVEDAAVTLDSFTGEGISQGNQIEASDNTNTYIRITNTSGGAIDIIATGREVSQ

Entity 3 polymer

描述 description	HK97 gp5-like major capsid protein
分子量 formula_weight	43544.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	LA,LB,LF,LE,LD,LC

MLMEAALPGSDVSAREVAKVWPGAKKGDYSFLQGNQSRSLEAEMTRTARAEAGTDRHRALKDYAVDADNLPKTLSAGSKHLTEDGDVIEARLDDAIPRMLFAASDPEYVDTLFREQLLEVVMEGRELRKVAREASNVINANTRVGDVPIASDEEFARPTGQGAEIRDDGETYTTVAWNATKLTEGSRVTDEMRDQAMVDLIERNIQRVGASLENGINRVFLTELVDNAQNNHDTAGSNQGYQALNSAVGEVDKDDFRPDTYVTHPDYRTQLFNDTNLAYANRAGTNEVLRNREDAPIVGDIAGLDMHAAMSSATYDDGTDIGWSGGSETWGFSSDGDKGAVVYDRDNIHTILYAPNGQDVEIKDYEDPIRDITGVNGRLHVDCQYSQGRSSATVQY

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	50

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	299.776 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.5120
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	102012

fit	/app/data/saxs_computation/qp/8qpq/8qpq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qp/8qpq/8qpq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qp/8qpq/8qpq.dat

C1 turret to capsid interface of full Haloferax tailed virus 1 adjacent to the portal-capsid interface.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)