8qpx

Crystal structure of Geodia cydonium Immunoglobulin-like domain of Receptor Tyrosine Kinase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qpx
沉积日期 deposition_date	2023-10-03
结构标题 title	Crystal structure of Geodia cydonium Immunoglobulin-like domain of Receptor Tyrosine Kinase
关键词 keywords	Ig-like, porifera, evolution, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.86 Å
零角强度 I(0) i0	9815930.00
分子量 molecular_weight	22513.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27804 Å³
包络体积 envelope_volume	34827 Å³
水化壳体积 shell_volume	14554 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.98 Å
包络 Rg envelope_rg	23.39 Å
形状 Rg shape_rg	22.87 Å
总 Rg total_rg	23.44 Å
总原子数 total_atoms	1577
残基数 n_residues	199
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8160e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9815000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7341
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.643
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.269
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3562000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.434; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.256; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Receptor tyrosine kinase (Fragment)
分子量 formula_weight	24623.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1675

GPTPPFLALSSPPRTGLPVSPDLSQPHSVTLTCSAASPPARGYQYQWQWRRNGTLLSNTHTRFSITPSTNTHSSSLVISGLRYSDAGDYMCTVEYGACPDGVDCNGTTPVTGTIHLELPLIVEVDSSGLVVREGSEVIVLTCEVYGYPRDSSPPMWSSPGRNLESGRFNITPRYTGTLSNGSVSSSDKVALSQLTIFNITVADEGEYKCSVDGESASFRVDLGGSNSSGSNS

来源 Source

来源生物 organism	Geodia cydonium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6047
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	40.910 Å
晶胞边长 b length_b	32.730 Å
晶胞边长 c length_c	92.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.910 Å
R 因子 r_factor	0.2232
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.2503

fit	/app/data/saxs_computation/qp/8qpx/8qpx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qp/8qpx/8qpx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qp/8qpx/8qpx.dat