SAXSdb — 8qqi

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qqi
沉积日期 deposition_date	2023-10-04
结构标题 title	E.coli DNA gyrase in complex with 217 bp substrate DNA and LEI-800
关键词 keywords	TOPOISOMERASE, GYRASE, ALLOSTERIC INHIBITOR, ANTIBIOTIC, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.50 Å
零角强度 I(0) i0	824225000.00
分子量 molecular_weight	223510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274930 Å³
包络体积 envelope_volume	433720 Å³
水化壳体积 shell_volume	82279 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.4 Å
壳层 Rg shell_rg	50.37 Å
包络 Rg envelope_rg	41.44 Å
形状 Rg shape_rg	42.54 Å
总 Rg total_rg	42.78 Å
总原子数 total_atoms	15652
残基数 n_residues	1884
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	824400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6200
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	93180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	58824.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	15652

SSDLAREITPVNIEEELKSSYLDYAMSVIVGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPHGDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMPTKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTEVINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKVYIRARAEVEVDAKTGRETIIVHEIPYQVNKARLIEKIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEVKRDAVGEVVLNNLYSQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREVVTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHAPTPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLERAGDDAARPEWLEPEFGVRDGLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKELLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEITAN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	89641.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPSNSYDSSSIKVLKGLDAVRKRPGMYIGDTDDGTGLHHMVFEVVDNAIDEALAGHCKEIIVTIHADNSVSVQDDGRGIPTGIHPEEGVSAAEVIMTVLHAGGKFDDNSYKVSGGLHGVGVSVVNALSQKLELVIQREGKIHRQIYEHGVPQAPLAVTGETEKTGTMVRFWPSLETFTNVTEFEYEILAKRLRELSFLNSGVSIRLRDKRDGKEDHFHYEGGIKAFVEYLNKNKTPIHPNIFYFSTEKDGIGVEVALQWNDGFQENIYCFTNNIPQRDGGTHLAGFRAAMTRTLNAYMDKEGYSKKAKVSATGDDAREGLIAVVSVKVPDPKFSSQTKDKLVSSEVKSAVEQQMNELLAEYLLENPTDAKIVVGKIIDAARAREAARRAREMTRRKGALDLAGLPGKLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVEKARFDKMLSSQEVATLITALGCGIGRDEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIALDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKEQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGDAVEPRRAFIEENALKAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Mu217 chain E
分子量 formula_weight	7943.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATCAGGCATAAAATCACCCGCACAGA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Mu
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681603
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Mu217 chain F
分子量 formula_weight	8031.2 kDa
突变 mutation	C18837G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TCTGTGCGGGTGATTTTATGCCTGAT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Mu
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681603
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	~{N}-[[(2~{S},5~{R})-5-(4-pyridin-3-ylphenyl)pyrrolidin-2-yl]methyl]isoquinoline-5-sulfonamide
分子量 formula_weight	444.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	139848

fit	/app/data/saxs_computation/qq/8qqi/8qqi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qq/8qqi/8qqi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qq/8qqi/8qqi.dat

E.coli DNA gyrase in complex with 217 bp substrate DNA and LEI-800

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)