SAXSdb — 8qsy

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qsy
沉积日期 deposition_date	2023-10-11
结构标题 title	Portal capsid interface of full Haloferax tailed virus 1.
关键词 keywords	Archaeal virus, portal, portal capsid interface, Mg ions, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	94.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	94.03 Å
零角强度 I(0) i0	60066800000.00
分子量 molecular_weight	1951800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2380700 Å³
包络体积 envelope_volume	3831800 Å³
水化壳体积 shell_volume	332770 Å³
包络直径 envelope_diameter	333.8 Å
壳层 Rg shell_rg	96.17 Å
包络 Rg envelope_rg	94.41 Å
形状 Rg shape_rg	94.04 Å
总 Rg total_rg	94.01 Å
总原子数 total_atoms	137239
残基数 n_residues	17692
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	260.1 Å
Rg (实空间) rg_real	90.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7500e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1540e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	93.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59910000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9075
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	113.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.287
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8455
最高正则化参数 α highest_alpha	2826000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.984; Stabil: 0.963; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HK97 gp5-like major capsid protein
分子量 formula_weight	43544.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	JA,JB,JC,JD,JE,JF,KA,KB,KC,KD,KE,KF,LA,LB,LC,LD,LE,LF,MA,MB,MC,MD,ME,MF,NA,NB,NC,ND,NE,NF
原子数 atom_count	137239

MLMEAALPGSDVSAREVAKVWPGAKKGDYSFLQGNQSRSLEAEMTRTARAEAGTDRHRALKDYAVDADNLPKTLSAGSKHLTEDGDVIEARLDDAIPRMLFAASDPEYVDTLFREQLLEVVMEGRELRKVAREASNVINANTRVGDVPIASDEEFARPTGQGAEIRDDGETYTTVAWNATKLTEGSRVTDEMRDQAMVDLIERNIQRVGASLENGINRVFLTELVDNAQNNHDTAGSNQGYQALNSAVGEVDKDDFRPDTYVTHPDYRTQLFNDTNLAYANRAGTNEVLRNREDAPIVGDIAGLDMHAAMSSATYDDGTDIGWSGGSETWGFSSDGDKGAVVYDRDNIHTILYAPNGQDVEIKDYEDPIRDITGVNGRLHVDCQYSQGRSSATVQY

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid stabilization protein
分子量 formula_weight	13888.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	JI,JJ,JK,KI,KJ,KK,LI,LJ,LK,MI,MJ,MK,NI,NJ,NK

MATETQGEHTFPVEVLISGEELRGYTAGEALSAGEPVYLSGDYEVSASSADGGEFLGVNLYDVASGEPVALAGDDCEVRVEVSEQVTANDEILPDGLGTFETVATSAASAGVAIVQEGAASGEVCEAYIFAVQGTTA

Entity 3 polymer

描述 description	Hypothetical protein gp21
分子量 formula_weight	9860.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P5,P6,P7,P8,P9

MQLRRSPGMRPMDRDWHQERARAREQAYSSDLTSQFSESEIVKYELDTAQIDGSDNPRTYIWNRTIDLFGMNGTDVRELRNR

Entity 4 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	75680.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	PA,PB,PC,PD,PE,PF,PG,PH,PI,PJ,PK,PL

MPKYNLRIGNRRVPIASTDTPLSEAIGKRLASSTPQTNVDSMGGGHSYQFNGQDLTFEDLRDIKDVRDSGGQVAQLMDYKALLNFGEGCEIHVEGDDETKQLVDGEPMTLSEWLEDAFPHLDLLVLDLGGDALWYPYAVGEIQETITGEFKEALPAEPWTLMPESDAQGKVQAWHQRTKTHGGYQTQTLPADDLWHIVINKASARDEVGISEVLRNKDEIQAFKQNEAAINQAIELHGFPQRHVKVGKEDGAPVRDNDLRRVRTIFDPRTTDANTAYFTGQDVDVETLEAHNFDYSAIHEMDMRNLTTALGLPLEAGNVGADGLGSGKPAELRFALLKLAIKANQRSFSVQFVERVMRPVVRDYSPFDHEADIRLEINDPLEDIGEVADLIQQVGDYMTNEQVAEKLDLPAPEDDEVADSYRSPADMEKDEAGVQDEPFGGMFAGRDMGNRCLGEGITDDELQHAPEWDRPLLEMYQGVTNPESDTSRTLVSFSSSGTPEFVLERIRESIMDGALFSEFDNIPSSRLMELRQTFADELGTDNFTLDSITDALMDFEADLTRDAAERIARTESSAVLNHAREISYEERGEGNELFYWTGADLGDSRQTEACAWLIRQTNPFSGGTPVPMNELRDMVDEAPSHDDSMDNNLARPDSWVVHPNERSSFVKAPPNWEQL

Entity 5 polymer

描述 description	HK97 gp6-like/SPP1 gp15-like head-tail connector
分子量 formula_weight	15585.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	PM,PN,PO,PP,PQ,PR,PS,PT,PU,PV,PW,PX

MPDPSIDEVSKSDWDALTTQEQDDIISQVENLSSTGWVNTSRERKAEAIRSAIAERDTLYSGNMSRLPTLDGDAEYFTLYLSAHKIQLFEGGEAQSESGEGGSVSYSTGGGGEKDLQKTRYGRMALEYVWEDNSIAALRTY

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	183

Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	412.192 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.4682
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157388

fit	/app/data/saxs_computation/qs/8qsy/8qsy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qs/8qsy/8qsy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qs/8qsy/8qsy.dat

Portal capsid interface of full Haloferax tailed virus 1.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)