8qtz

Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from SA11 Rotavirus Tripsinized Triple Layered Particle

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 197.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qtz
沉积日期 deposition_date	2023-10-13
结构标题 title	Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from SA11 Rotavirus Tripsinized Triple Layered Particle
关键词 keywords	Rotavirus, dsRNA virus, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.68 Å
零角强度 I(0) i0	765888000.00
分子量 molecular_weight	230750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	288440 Å³
包络体积 envelope_volume	459820 Å³
水化壳体积 shell_volume	65749 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.1 Å
壳层 Rg shell_rg	54.56 Å
包络 Rg envelope_rg	63.52 Å
形状 Rg shape_rg	64.70 Å
总 Rg total_rg	64.35 Å
总原子数 total_atoms	16260
残基数 n_residues	2067
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.4 Å
Rg (实空间) rg_real	64.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	762700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7153
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.536
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.736
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	65710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.623; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (1)

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7. 引用文献 (2)

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分辨率 resolution	4.27 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	22394

描述 description	Outer capsid protein VP4
分子量 formula_weight	86749.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y,Z
原子数 atom_count	16260

来源生物 organism	Rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10912
宿主生物 host_organism	Chlorocebus aethiops

fit	/app/data/saxs_computation/qt/8qtz/8qtz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qt/8qtz/8qtz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qt/8qtz/8qtz.dat

Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from SA11 Rotavirus Tripsinized Triple Layered Particle

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (1)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Cryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from SA11 Rotavirus Tripsinized Triple Layered Particle

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (1)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from SA11 Rotavirus Tripsinized Triple Layered Particle