SAXSdb — 8qyd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qyd
沉积日期 deposition_date	2023-10-25
结构标题 title	Zorya anti-bacteriophage defense system ZorAB
关键词 keywords	Nuclease, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.93 Å
零角强度 I(0) i0	636963000.00
分子量 molecular_weight	224680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	288090 Å³
包络体积 envelope_volume	393480 Å³
水化壳体积 shell_volume	68308 Å³
包络直径 envelope_diameter	239.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.78 Å
包络 Rg envelope_rg	59.59 Å
形状 Rg shape_rg	56.97 Å
总 Rg total_rg	56.39 Å
总原子数 total_atoms	15828
残基数 n_residues	1892
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.1 Å
Rg (实空间) rg_real	59.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	634400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6767
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.841
峰度 Kurtosis kurtosis	0.225
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0037
最高正则化参数 α highest_alpha	62480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.242; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.142; Smooth: 0.924

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Anti-phage defense ZorAB system ZorA
分子量 formula_weight	80339.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	16150

MSWLNSILVTLTSVEPYKVPVTVIVTVTFAFVCFIFFYLLRSIRIIYGLKKYTRSINSIEKSAPEVQLEHLKSLFQRSELKHAWNEFEESLHSQYELENGEEKIVRIRATAPSASFFSEQQLVDIPLNTEFFKHLPGILTGMGIIGTFYGLMIGLNHFDPSTPEQVSSSVNNLLRDVLYAFLGSAFAIFASILVTWLEKLSIAKSYKYLEKFTAALDSLYDSGVGEEYLASLVKSSNESATQARHLKESLVTDLRDMLLHLAESQKIENERLANTLSATYRESGSQFADQVSGAIENSLKSPLDKIAGAVQTASGDQSGMVQNMLQNVLTAFMAKLDTTFGQQFTNLNEMMGQTVGAIQTMQTGFSALLQDMRQVSDDSRQGSAQLIEQLLSEMKSGQQALQAGMNDMLTSLQVSVAKIGAEGEGAGERIARQLEKMFADSEAREKAQAEHMAAFVEAIQNSVQQGQSATMEKMAASVGALGEQLGSLFGQIDKGQQQISATQQANQQSLHEQTQRVMSEVDDQIKQLVETVASQHQGTTETLRLLAEQTNRQIQDMQAGADKMRLAAERFEHAGERVSEANHLTADVLNKAQSAGSSLSLATSELTSVVADYRNNREAVSKSIAMLELLAANTQSEQTTRNQFIADLKQHGERLQSYNREAQVFMENVSDVLGKGFEDFSEGVSRSLDKTLGKLDVEMAKASNLLAGSVEQLGESVSELDDVLSRVRT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Membrane protein
分子量 formula_weight	28103.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MFGNAFGVKKRRSDEAEKPFWISYADLMTAMMVLFLVVMVASLSSVTQRIQRAEQGEKARGQDISRLCERLELHARNVNKNIVVDCHDNRISFGEAGRFAHNQFFLNAEGQKALQDVVPLVLEASNSEEGKKWFKQIVIEGFTDTDGSYLYNLHLSLQRSEWVMCSLLDSRSPLQKNISAEQQLQIRKLFLAGGVSFNNAKESKEASRRVELRMQFFGLKDKRDKADEVDFPPVVNKEVCQLVMPL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	313

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	227728

fit	/app/data/saxs_computation/qy/8qyd/8qyd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qy/8qyd/8qyd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qy/8qyd/8qyd.dat

Zorya anti-bacteriophage defense system ZorAB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)