8qz5

Alpha-1-antitrypsin (Tyr244Phe) in the native conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qz5
沉积日期 deposition_date	2023-10-26
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Alpha-1-antitrypsin (Tyr244Phe) in the native conformation
关键词 keywords	Antitrypsin, protease inhibitor, serpin, mutant, deficiency, small molecule, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.24 Å
零角强度 I(0) i0	23863000.00
分子量 molecular_weight	39100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49704 Å³
包络体积 envelope_volume	57510 Å³
水化壳体积 shell_volume	22822 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.95 Å
包络 Rg envelope_rg	21.56 Å
形状 Rg shape_rg	21.22 Å
总 Rg total_rg	22.23 Å
总原子数 total_atoms	5460
残基数 n_residues	361
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5623
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.360
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.257
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6562000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.597; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-1-antitrypsin
分子量 formula_weight	45643.7 kDa
突变 mutation	Y244F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5830

MRGSHHHHHHTDPQGDAAQKTDTSHHDQDHPTFNKITPNLAEFAFSLYRQLAHQSNSTNIFFSPVSIATAFAMLSLGTKADTHDEILEGLNFNLTEIPEAQIHEGFQELLRTLNQPDSQLQLTTGNGLFLSEGLKLVDKFLEDVKKLYHSEAFTVNFGDTEEAKKQINDYVEKGTQGKIVDLVKELDRDTVFALVNYIFFKGKWERPFEVKDTEEEDFHVDQVTTVKVPMMKRLGMFNIQHCKKLSSWVLLMKFLGNATAIFFLPDEGKLQHLENELTHDIITKFLENEDRRSASLHLPKLSITGTYDLKSVLGQLGITKVFSNGADLSGVTEEAPLKLSKAVHKAVLTIDEKGTEAAGAMFLEAIPMSIPPEVKFNKPFVFLMIEQNTKSPLFMGKVVNPTQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	193

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.098 Å
晶胞边长 b length_b	38.628 Å
晶胞边长 c length_c	90.039 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	42.120 Å
R 因子 r_factor	0.2001
R_work r_work	0.1995
R_free r_free	0.2126

fit	/app/data/saxs_computation/qz/8qz5/8qz5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qz/8qz5/8qz5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qz/8qz5/8qz5.dat

Alpha-1-antitrypsin (Tyr244Phe) in the native conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction