8r0q

Pim1 in complex with 6-bromo-1H-benzo[d]imidazol-2-amine and Pimtide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r0q
沉积日期 deposition_date	2023-10-31
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	Pim1 in complex with 6-bromo-1H-benzo[d]imidazol-2-amine and Pimtide
关键词 keywords	;SERINE KINASE, KINASE, COMPLEX, PIM1, PIM, PIM-1, INHIBITOR, TUMORIGENISIS, CANCER, PIMTIDE, PROTO ONCOGEN, ATP, PHOSPHORYLATION, APOPTOSIS, CELL CYCLE, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.53 Å
零角强度 I(0) i0	32709100.00
分子量 molecular_weight	29431.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28438 Å³
包络体积 envelope_volume	44887 Å³
水化壳体积 shell_volume	20078 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.07 Å
包络 Rg envelope_rg	18.76 Å
形状 Rg shape_rg	18.52 Å
总 Rg total_rg	19.23 Å
总原子数 total_atoms	2230
残基数 n_residues	275
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8936
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.328
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase pim-1
分子量 formula_weight	35670.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	R250G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2429

SMLLSKINSLAHLRAAPCNDLHATKLAPGKEKEPLESQYQVGPLLGSGGFGSVYSGIRVSDNLPVAIKHVEKDRISDWGELPNGTRVPMEVVLLKKVSSGFSGVIRLLDWFERPDSFVLILERPEPVQDLFDFITERGALQEELARSFFWQVLEAVRHCHNCGVLHRDIKDENILIDLNRGELKLIDFGSGALLKDTVYTDFDGTRVYSPPEWIRYHRYHGRSAAVWSLGILLYDMVCGDIPFEHDEEIIGGQVFFRQRVSSECQHLIRWCLALRPSDRPTFEEIQNHPWMQDVLLPQETAEIHLHSLSPGPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Pimtide
分子量 formula_weight	1592.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ARKRRRHPSGPPTA

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	6-bromo-1H-benzo[d]imidazol-2-amine
分子量 formula_weight	212.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.221 Å
晶胞边长 b length_b	97.221 Å
晶胞边长 c length_c	80.836 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	41.660 Å
R 因子 r_factor	0.1659
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.1766

fit	/app/data/saxs_computation/r0/8r0q/8r0q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r0/8r0q/8r0q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r0/8r0q/8r0q.dat

Pim1 in complex with 6-bromo-1H-benzo[d]imidazol-2-amine and Pimtide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)