8r1a

Model of the membrane-bound GBP1 oligomer

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 259.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r1a
沉积日期 deposition_date	2023-11-01
结构标题 title	Model of the membrane-bound GBP1 oligomer
关键词 keywords	Oligomer, GTPase, Interferon-induced, ANTIMICROBIAL PROTEIN; ANTIMICROBIAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	91.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	92.41 Å
零角强度 I(0) i0	2365340000.00
分子量 molecular_weight	407550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	509220 Å³
包络体积 envelope_volume	1163700 Å³
水化壳体积 shell_volume	117570 Å³
包络直径 envelope_diameter	320.1 Å
壳层 Rg shell_rg	71.34 Å
包络 Rg envelope_rg	94.92 Å
形状 Rg shape_rg	92.20 Å
总 Rg total_rg	92.80 Å
总原子数 total_atoms	28566
残基数 n_residues	3522
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	259.6 Å
Rg (实空间) rg_real	87.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	85.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2323000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9162
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	76.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7386
最高正则化参数 α highest_alpha	120200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 0.982; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.235

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanylate binding protein 1
分子量 formula_weight	69267.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	28566

MRGSHHHHHHGSASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAGKKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAVLLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVWTLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDRPVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRDSEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLEEEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQTLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRVQLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	26.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6146

fit	/app/data/saxs_computation/r1/8r1a/8r1a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r1/8r1a/8r1a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r1/8r1a/8r1a.dat