8r3i

Proof of concept study of a probe molecule in TbPTR1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r3i
沉积日期 deposition_date	2023-11-09
最后修订 last_revision	2024-11-20
结构标题 title	Proof of concept study of a probe molecule in TbPTR1
关键词 keywords	PTERIDINE REDUCTASE, TRYPANOSOMATIDS, SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.33 Å
零角强度 I(0) i0	389105000.00
分子量 molecular_weight	103160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98288 Å³
包络体积 envelope_volume	159030 Å³
水化壳体积 shell_volume	44748 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.39 Å
包络 Rg envelope_rg	28.45 Å
形状 Rg shape_rg	28.30 Å
总 Rg total_rg	28.90 Å
总原子数 total_atoms	7773
残基数 n_residues	1000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.9 Å
Rg (实空间) rg_real	29.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	389100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8932
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.180
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.979

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Pteridine reductase
分子量 formula_weight	30200.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8320

MHHHHHHLVPRGSMMEAPAAVVTGAAKRIGRAIAVKLHQTGYRVVIHYHNSAEAAVSLADELNKERSNTAVVCQADLTNSNVLPASCEEIINSCFRAFGRCDVLVNNASAFYPTPLVQGDHEDNSNGKTVETQVAELIGTNAIAPFLLTMSFAQRQKGTNPNCTSSNLSIVNLCDAMVDQPCMAFSLYNMGKHALVGLTQSAALELAPYGIRVNGVAPGVSLLPVAMGEEEKDKWRRKVPLGRREASAEQIADAVIFLVSGSAQYITGSIIKVDGGLSLVHA

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5691
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	~{N}-[(2~{R})-1-[4-[[2,4-bis(azanyl)quinazolin-5-yl]oxymethyl]piperidin-1-yl]-1-oxidanylidene-pent-4-yn-2-yl]ethanamide
分子量 formula_weight	410.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	547

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.575 Å
晶胞边长 b length_b	91.939 Å
晶胞边长 c length_c	82.732 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	67.400 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1647
R_free r_free	0.1903

fit	/app/data/saxs_computation/r3/8r3i/8r3i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r3/8r3i/8r3i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r3/8r3i/8r3i.dat

Proof of concept study of a probe molecule in TbPTR1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction