8r61

Structure of IgE delta epsilon 3-4 in complex with a kappa binding nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 189.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r61
沉积日期 deposition_date	2023-11-20
结构标题 title	Structure of IgE delta epsilon 3-4 in complex with a kappa binding nanobody
关键词 keywords	adaptive immune system IgE allergy, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.31 Å
零角强度 I(0) i0	1947590000.00
分子量 molecular_weight	360420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	447130 Å³
包络体积 envelope_volume	697740 Å³
水化壳体积 shell_volume	104660 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.3 Å
壳层 Rg shell_rg	56.99 Å
包络 Rg envelope_rg	55.72 Å
形状 Rg shape_rg	57.30 Å
总 Rg total_rg	57.32 Å
总原子数 total_atoms	25344
残基数 n_residues	3360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.3 Å
Rg (实空间) rg_real	57.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1948000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8686
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.582

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin E VH-Ceps1-Ceps1
分子量 formula_weight	37231.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	25344

QSLEESGGRLVTPGTPLTLTCTVSGFSLSTYNIHWVRQAPGKGLEWIGVIDTGGGTYFASWAKGRFAISKTSSTTVDLKMTSLTAADTATYFCAKGFDYSASTNLWGPGTLVTISSASTQSPSVFPLTRCCKNIPSNATSVTLGCLATGYFPEPVMVTWDTGSLNGTTMTLPATTLTLSGHYATISLLTVSGAWAKQMFTCRVAHTPSSTDWVDNKTFSVCSRDFTPPTVKILQSSCDGGGHFPPTIQLLCLVSGYTPGTINITWLEDGQVMDVDLSTASTTQEGELASTQSELTLSQKHWLSDRTYTCQVTYQGHTFEDSTKKCADGSGSENLYFQGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	HMM5 IgE light chain
分子量 formula_weight	23384.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

ELDMTQTPSSVSAPVGGSVTINCQSSQSVYGNNYLAWYQQKAGQPPKLLIYRASTLASGAPSRFKGSGSGTQFTLTISDLESDDAATYYCLGYYNGVINVFGGGTNVEIKRTVGAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	kappa binding nanobody
分子量 formula_weight	13162.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

EVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVATARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	154.100 Å
晶胞边长 b length_b	132.490 Å
晶胞边长 c length_c	154.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	32.460 Å
R 因子 r_factor	0.2334
R_work r_work	0.2324
R_free r_free	0.2752

fit	/app/data/saxs_computation/r6/8r61/8r61.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r6/8r61/8r61.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r6/8r61/8r61.dat

Structure of IgE delta epsilon 3-4 in complex with a kappa binding nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)