SAXSdb — 8r70

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r70
沉积日期 deposition_date	2023-11-23
结构标题 title	Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Y291A with HA dp4
关键词 keywords	Polysaccharide lyase, glycosaminoglycan, Hyaluronic acid, conformational change, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.06 Å
零角强度 I(0) i0	302969000.00
分子量 molecular_weight	142150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177590 Å³
包络体积 envelope_volume	226950 Å³
水化壳体积 shell_volume	47383 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.86 Å
包络 Rg envelope_rg	42.67 Å
形状 Rg shape_rg	43.06 Å
总 Rg total_rg	43.10 Å
总原子数 total_atoms	19758
残基数 n_residues	1226
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	302800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7922
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.537
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.731; Smooth: 0.348

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Heparinase
分子量 formula_weight	73568.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	20540

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASNAYTERDMLQKAADETTLKNVLVMKQAWVPYPAYTDRAAWDSLMGSNKQRLIAAGEKLLDYKWQLIPATAYLEYERTGNRKIMEVPYDANRQALNTLMLAELAEGKGRFIDQLLNGAYMSCEMNSWVLSAHLPRQSSKRSLPDFREQIIDLGSGGYGALMAWVHYFFRKPFDKINPVVSLQMRKAIKERILDPYMNDDDMWWMAFNWQPGEIINNWNPWCNSNALQCFLLMENNKDRLAKAVYRSMKSVDKFINFVKSDGACEEGTSAWGHAAGKLYDYLQILSDGTGGKISLLNEPMIRRMGEYMSRSYVGNGWVVNFADASAQGGGDPLLIYRFGKAVNSNEMMHFAAYLLNGRKPYATMGNDAFRSLQSLLCCNDLAKETPKHDMPDVTWYPETEFCYMKNKNGMFVAAKGGFNNESHNHNDVGTFSLYVNTIPVILDAGVGTYTKQTFGKDRYTIWTMQSNYHNLPMINGIPQKYGQEYKATNTTCNEKKRVFSTDIAAAYPSEAKVKNWIRSYTLDDRKLTITDSYTLEEAVAPNQVNFMTWGNVTFPSQGKIQIEVKGQKVELDYPTLFKAELETIQLDDPRLSNVWGKEIYRITLKTNEKKETGNYKFVIQQIK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226186
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	600.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	776.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	polyethylene glycol
分子量 formula_weight	662.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	700

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.640 Å
晶胞边长 b length_b	137.301 Å
晶胞边长 c length_c	202.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.797 Å
最低分辨率 resolution_low	113.702 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1806
R_free r_free	0.2234

fit	/app/data/saxs_computation/r7/8r70/8r70.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r7/8r70/8r70.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r7/8r70/8r70.dat

Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Y291A with HA dp4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction