8r7b

SARS-CoV-2 NSP14 in complex with SAH and TDI-015051

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r7b
沉积日期 deposition_date	2023-11-24
结构标题 title	SARS-CoV-2 NSP14 in complex with SAH and TDI-015051
关键词 keywords	NSP14, SARS-COV-2, METHYLTRANSFERASE, VIRAL PROTEIN, INHIBITOR COMPLEX; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.09 Å
零角强度 I(0) i0	160644000.00
分子量 molecular_weight	100890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125940 Å³
包络体积 envelope_volume	160480 Å³
水化壳体积 shell_volume	42138 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.98 Å
包络 Rg envelope_rg	30.71 Å
形状 Rg shape_rg	31.06 Å
总 Rg total_rg	31.87 Å
总原子数 total_atoms	7061
残基数 n_residues	858
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9092
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.088
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.629
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.970

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine-N7 methyltransferase nsp14
分子量 formula_weight	59872.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.56,3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7252

SAENVTGLFKDCSKVITGLHPTQAPTHLSVDTKFKTEGLCVDIPGIPKDMTYRRLISMMGFKMNYQVNGYPNMFITREEAIRHVRAWIGFAVAGCHATREAVGTNLPLQLGFSTGVNLVAVPTGYVDTPNNTDFSRVSAKPPPGDQFKHLIPLMYKGLPWNVVRIKIVQMLSDTLKNLSDRVVFVLWAHGFELTSMKYFVKIGPERTCCLCDRRATCFSTASDTYACWHHSIGFDYVYNPFMIDVQQWGFTGNLQSNHDLYCQVHGNAHVASCDAIMTRCLAVHECFVKRVDWTIEYPIIGDELKINAACRKVQHMVVKAALLADKFPVLHDIGNPKAIKCVPQADVEWKFYDAQPCSDKAYKIEELFYSYATHSDKFTDGVCLFWNCNVDRYPANSIVCRFDTRVLSNLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFDKSAFVNLKQLPFFYYSDSPCESHGKQVVSDIDYVPLKSATCITRCNLGGAVCRHHANEYRLYLDAYNMMISAGFSLWVYKQFDTYNLWNTFTRLQ

来源 Source

来源生物 organism	SARS-CoV-2 pseudovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3092168
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	;N-[(5-fluoranyl-1-benzofuran-4-yl)methyl]-1,5-dimethyl-4-(1,4,6,7-tetrahydropyrazolo[4,3-c]pyridin-5-ylsulfonyl)pyrrole-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	471.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.448 Å
晶胞边长 b length_b	101.071 Å
晶胞边长 c length_c	90.472 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	65.510 Å
R 因子 r_factor	0.1916
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2443

fit	/app/data/saxs_computation/r7/8r7b/8r7b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r7/8r7b/8r7b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r7/8r7b/8r7b.dat