8rbq

Cryo-EM structure of the NADH:ferredoxin oxidoreductase RNF from Azotobacter vinelandii, dithionite reduced

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rbq
沉积日期 deposition_date	2023-12-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of the NADH:ferredoxin oxidoreductase RNF from Azotobacter vinelandii, dithionite reduced
关键词 keywords	NADH:ferredoxin oxidoreductase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.06 Å
零角强度 I(0) i0	409989000.00
分子量 molecular_weight	174080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221360 Å³
包络体积 envelope_volume	303620 Å³
水化壳体积 shell_volume	59336 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.2 Å
壳层 Rg shell_rg	47.19 Å
包络 Rg envelope_rg	42.79 Å
形状 Rg shape_rg	43.09 Å
总 Rg total_rg	43.13 Å
总原子数 total_atoms	12140
残基数 n_residues	1561
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	409900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8663
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.406
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.719

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Ion-translocating oxidoreductase complex subunit A
分子量 formula_weight	19942.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12140

MEYVLFLLGTVLVHNVVLVGFLGLCPFMGVSSKLDPSIGLAVATTLVMGLGGASSWLLEHYVLLPLGIGFIRILAYIVVIAGMVQLIEMIIRKASPSLYRSLGIYLPLITTNCAVLGVPLLSVREGHDLTMAVLFGLGSGLGFSLIMIIFAGLRERLALANVPAAFSGPPIAFVTAGLLALAFMGFGGLI

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 2 polymer

描述 description	Ion-translocating oxidoreductase complex subunit C
分子量 formula_weight	52234.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MYFNLSSIRGGVHPAAHKDLSAALPIGSLPLPPRLYLPLRQHAGAEALPMVAVGDKVLKGQLLAFPPTEVSAPVHAPTSGRIVAIGPVPAPHPSGLTTTGIVLESDGEDRWIDLDVSTDPFAEDPLVLADRVAKAGIVGLGGAIFPAAVKLKQGTRHEIKTVLVNGSECEPYLTCDDRIMRERAEAIVDGARLIQHILRAYSVVIAIEDNKPEALAAMRAAAEHFGAIEVMAVPALYPMGSAKQLIQAVTGREVPAGGRSTDVGVLVHNAGTVYAIQQALRFGRPLISRVVTVSGACVKTPQNLDVLIGTPVQALIDACGGLSGDPQQLLLGGPMMGAVLPSTEVPVIKGATGLLALARHELPNKDPAPCIRCASCVDACPMGLTPLDMALYARADDYDGASEYGLRDCILCGCCSYVCPSHIPLVHYFQYAKGQQDERRSAARKSDYIKRQTEVRAARLAEEEAAKAAAKAAKEAAKAAKAAKTKAAKPSNEVES

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 3 polymer

描述 description	Ion-translocating oxidoreductase complex subunit E
分子量 formula_weight	25576.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSHCGAPSVPEPEKKVPWQYFTSALWQYNVALVQMLALCPTLAVTTTATNGLGMGLATTLVLVMTNALISSMRHTISPEVRNPVMIGVIAGVVTLTDMAMNAWMHELYKVLGLFIALIVTNCAVLGRAESFCLRNPVIPSILDGAGMGAGFTAVLVVIGGIREILGSGTLFSQASSLLGSHFKWMEITVIPDFQGILLAILPPGAFIVLGFLLAAKRVIDRKRAERRQQTHGELVVLQ

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 4 polymer

描述 description	Ion-translocating oxidoreductase complex subunit G
分子量 formula_weight	24890.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MNDTTMTPAEENAAPAEAAAGKPTLLARLEKWRPMVAYQGLSLGLVCAVVALLLLTGNIMTHGTIAEQQMQDRLATLREVLPQSLYDNNPLADSFKVQDAELGEVEVLPARLQGKLTAVVFQGRNIGYGGPIEQMMSVDAQGKILGVRVLTHKETPGLADKIEASRSDWIKVFDGLSLENTALDKWKVKKDGGQFDQFAGATITPRAVVKTVLQGLQFQARHAEQLKAE

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 5 polymer

描述 description	Protein RnfH
分子量 formula_weight	9644.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MRVSVVYADPAKPLQLSCKVEDGCSVEQAIQQSGVLRCCPDIDLKKQKVGVFGKFVKLDSPLKDGDRIEIYQRVTRVDDDDDDDDD

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 6 polymer

描述 description	Ion-translocating oxidoreductase complex subunit B
分子量 formula_weight	17704.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIEATLALTVMGVLLGCGLGLAARKFAVTDENPLIKEVSDLMPGSQCGQCGFPGCGAAAVAIVEGNASVTCCPPGGVGLAEKLAAILGVPLDASQVAAPMLARVEASQCIGCTRCYRACPTDAIVGASGQVHVVLEDACTGCGKCRDACPEDCVLLIPQEQTLDTWRWDKPAAA

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 7 polymer

描述 description	Ion-translocating oxidoreductase complex subunit D
分子量 formula_weight	39189.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTISVAAGPFAHDRSSVNRIMLDVCLALTPATLFGLVMFGWPAINLWLVTCVSALAIEAACLRLLGQPMRRLLDGSALLTGWLLAISLPPWAPWWIGVGGSLFAIGIGKQLYGGIGQNPFNPAMLARVALLIAFPLQMTTWALPHPLFSSSAPGFFDSLAITFAGAPLADGMTGATALGNLKTELTLNRTAQEILEGGFSTISALFGSTPGSLGETSELLLLVGGVWLVLRRIIHWEIPVAILASVFVMATLAYLINPERYAGGLYQLTSGGLILCAFFIATDPVTSPISRVGRLIFGVGCGVLIYVIRTWGSFPEAAAFAVLFMNALTPLIDRYWRPRAYGRNVRGKPLVAAKWTSQVKEVDKV

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii

Entity 8 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 10 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii DJ

Entity 11 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	RIBOFLAVIN
分子量 formula_weight	376.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	165903

fit	/app/data/saxs_computation/rb/8rbq/8rbq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/8rbq/8rbq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/8rbq/8rbq.dat

Cryo-EM structure of the NADH:ferredoxin oxidoreductase RNF from Azotobacter vinelandii, dithionite reduced

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

来源 Source

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)